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La ciencia que define a los taxones se llama taxonomía. En biología, un taxón es un grupo de organismos emparentados, su plural en latín es taxa o taxones en castellano.
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La taxonomía de los hongos se ha basado principalmente en criterios morfológicos y en las características de las estructuras de reproducción sexuada, sin que haya necesidad de analizar los atributos bioquímicos o fisiológicos, salvo en las levaduras, en las cuales tales características son importantes. Actualmente, para análisis taxonómicos, de identificación y de diagnóstico, se hacen indispensables los estudios moleculares de los microorganismos fúngicos de manera parasitaria o en cultivo. Las técnicas de biología molecular en especial aquellas de secuenciación de DNA, han permitido mejorar la clasificación de los hongos y el conocimiento de sus relaciones filogenéticas.
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Los marcadores moleculares (o regiones únicas en el genoma) son más estables que las características fenotípicas, y han permitido resolver estudios de taxonomía; efectuar investigaciones epidemiológicas de cepas y brotes; identificar y caracterizar especímenes clínicos, virulencia y resistencia, estructura genética y evolución filogenética, así como mejorar la investigación para el desarrollo de nuevos antimicóticos y coadyuvar al entendimiento de la proteómica (estudio y caracterización del conjunto de proteínas expresadas de un genoma o proteoma). Entre los métodos basados en DNA aplicados a la micología médica figuran: cariotipo electroforético, polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP, del inglés restriction fragment length polymorphism), hibridación Southern y Northern, análisis del polimorfismo del DNA amplificado con cebadores arbitrarios (RAPD, del inglés random amplified polymorphic-DNA), reacción en cadena de la polimerasa (PCR, del inglés polymerase chain reaction), reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa o PCR en tiempo real (qPCR [o Q-PCR], del inglés quantitative polymerase chain reaction), polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP, del inglés amplified fragment length polymorphism), microarreglos, polimorfismo de nucleótido único (SNP, del inglés single nucleotide polymorphysm), tipificación de secuencia multilocus (MLST, del inglés multilocus sequence typing), microarreglos de DNA o chips de DNA (DNA microarrays), secuenciación de DNA y análisis de longitud de fragmento de espaciador transcrito interno de las regiones 1 y 2 (del inglés fragment length analysis of internally transcribed spacer 1 and 2 region). Con las técnicas disponibles hoy día, es posible la comparación no sólo de genes, sino del genoma completo (véase cap. 5).
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Con la introducción de los métodos moleculares, conviene conocer el significado de la terminología más usada: dendrograma es un término genérico para la representación esquemática de un árbol filogenético. Cladograma es un árbol que se forma usando métodos cladísticos; este tipo de árbol sólo representa un patrón de ramificación, es decir, la longitud de sus ramas no representa el tiempo. Filograma es un árbol filogenético que representa explícitamente diversos cambios de rasgos de carácter a lo largo de la longitud de sus ramas; es el resultado de la aplicación de los principios de la ...