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Los niveles del control de la expresión de un gen son los siguientes:
Pretranscripción.
Transcripción.
Procesamiento del tránscrito primario de ARN.
Transporte del ARNm al citoplasma.
Traducción del ARNm.
Degradación del ARNm.
Modificaciones postraduccionales.
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Nivel pretranscripcional
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La estructura de los genes cambia cuando van a ser transcritos; un cambio conformacional en la cromatina es el primer paso en la expresión génica. En el núcleo de una célula eucariota, el ADN se encuentra enrollado alrededor de octámeros de histonas para formar los nucleosomas, lo que impide la transcripción de los genes; es necesario que el ADN se desenrrolle y se separe de las histonas para que pueda llevarse a cabo la transcripción. Cada una de las histonas que forman el nucleosoma tiene, en su extremo aminoterminal, una cola que se extiende por fuera de la doble hélice de ADN (figura 7-1). Se dispone de pruebas de que la metilación de la histona H3 promueve la compactación de la cromatina e inhibe la transcripción. Por otra parte, la acetilación de residuos de lisina en las histonas tiene un efecto opuesto, es decir, esta acetilación evita que las fibras de cromatina se plieguen dejando expuestos segmentos de ADN, para ser reconocidos por factores transcripcionales, y se forme el complejo basal de la transcripción. Las enzimas encargadas de agregar residuos de acetilo a las lisinas en las histonas se denominan acetiltransferasas. La unión de un factor transcripcional al ADN recluta a una proteína, llamada coactivador, a la región de la cromatina destinada a la transcripción. El coactivador acetila, entonces, a las histonas de los nucleosomas, que pierden su carga positiva, liberan el ADN del nucleosoma y dejan libre el promotor, lo que permite la unión de más factores transcripcionales, ensamblándose la maquinaria de transcripción y dando inicio a este proceso (figura 7-1B).
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Nivel transcripcional
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En el control de la expresión de un gen a nivel transcripcional intervienen elementos CIS y TRANS. Los elementos CIS están constituidos por las secuencias en el ADN (promotor, enhacer, silencer) en donde se unen diversas proteínas, entre ellas los factores transcripcionales. Los elementos TRANS son, precisamente, los factores transcripcionales unidos al ADN en su secuencia blanco y que desempeñan un papel fundamental en este control. Estas proteínas se identificaron por primera vez en 1950 y están presentes tanto en células eucariotas como en procariotas. Su desempeño en una célula procariota es muy sencillo y en una eucariota, mucho más complejo.
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Los factores transcripcionales se unen al ADN en el surco mayor, ya que la conformación de la proteína es complementaria a la superficie espacial de la doble hélice; la proteína interactúa con el ADN a través de enlaces, como puentes de hidrógeno, enlaces iónicos e interacciones hidrofóbicas que, aunque son enlaces débiles, la gran cantidad permite lograr una unión fuerte y altamente específica (figura 7-2).
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Control transcripcional en procariotes
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La expresión de los genes de los organismos procariotes, como las bacterias, está determinada por las condiciones ambientales en las que se encuentran la disponibilidad de alimento como uno de los factores más importantes.
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En las bacterias, la mayoría de los genes relacionados con el metabolismo están agrupados en operones. Los genes pertenecientes al mismo operón se prenden y se apagan al mismo tiempo. Un operón se define como un fragmento de ADN que contiene los genes de las proteínas que participan en la misma vía metabólica. El operón más conocido y más estudiado es el operón Lac de Escherichia coli y es uno de los ejemplos clásicos de regulación génica. Este operón se encarga de metabolizar la lactosa para obtener energía. En ausencia de lactosa en el medio, los genes del operón Lac se encuentran apagados, puesto que la bacteria está obteniendo energía de otras fuentes. Sin embargo, cuando la bacteria está expuesta a un medio rico en lactosa, la expresión del operón Lac se activa. Este operón contiene tres genes, Z, Y y A (figura 7-3). El gen Y codifica para una permeasa de lactosa que introduce a la lactosa en la célula; el gen Z codifica para la β-galactosidasa, una enzima que rompe el enlace glicosídico de la lactosa y libera los dos monosacáridos que la constituyen (glucosa y galactosa), y el gen A codifica para la enzima tiogalactósido transacetilasa, que elimina de la célula los tiogalactósidos transportados a la célula junto con la lactosa.
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En el funcionamiento normal del operón Lac, existe una proteína llamada represor (un factor transcripcional) que inhibe su expresión. En ausencia de lactosa, este represor permanece unido al promotor del operón. En presencia de lactosa en el medio, ésta se une al represor y provoca en él un cambio conformacional e impide que se una al ADN. Esto permite la transcripción del operón Lac y, con ello, la expresión de los tres genes que actúan en el metabolismo de la lactosa (figura 7-3).
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Control transcripcional en eucariotes
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La transcripción de los genes la controla el promotor (véase el capítulo 5). Algunos promotores son sencillos y están regidos por una sola señal que controla la actividad de los genes. Otros son complejos, responden a una variedad de señales y actúan como pequeños procesadores que interpretan e integran estas señales, controlando así el encendido y apagado de los genes. La transcripción es, entonces, controlada por los factores transcripcionales que se unen a estos promotores. Los factores transcripcionales pueden dividirse en dos grupos funcionales:
Generales: comunes a todos los genes, que se unen al promotor junto con la ARN polimerasa.
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Específicos: se unen a sitios reguladores en genes específicos.
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Un mismo factor transcripcional puede controlar diferentes genes al mismo tiempo, ya que la secuencia que reconocen en el ADN puede estar presente en el promotor de varios genes.
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Los primeros genes en estudiarse fueron los genes virales y aquellos que codifican para proteínas que participan en la regulación del ciclo celular. Todos estos genes contienen una secuencia altamente conservada denominada caja TATA (timina-adenina-timina-adenina), que se encuentra 25-35 pb corriente arriba del sitio de inicio de la transcripción (posición 25, 35) (figura 7-3). Estudios de mutagénesis dirigida han demostrado que el cambio de un solo nucleótido en esta secuencia disminuye de forma espectacular la transcripción de los genes controlados por ella. Existen genes que se transcriben constantemente, denominados genes de expresión constitutiva, como por ejemplo, el gliceraldehído 3 fosfato deshidrogenasa (GA3PDH), la β-actina y el ARN ribosomal 18S. Estos genes no contienen caja TATA, pero sí regiones ricas en GC, reconocidas por factores transcripcionales especiales.
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Además del promotor, la transcripción de la mayoría de los genes eucarióticos se regula por otras secuencias en el ADN, llamadas potenciadores (enhancer) o inhibidores (silencer), que se localizan a cientos o miles de bases de distancia del sitio de inicio de la transcripción (figura 7-4). Mutaciones en los genes que codifican para factores transcripcionales pueden ocasionar que éstos actúen activando o inactivando genes sin control.
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La regulación de la transcripción en eucariotes es mucho más compleja que en procariotes, principalmente por dos razones:
Los factores transcripcionales actúan a distancia del sitio de inicio de la transcripción.
La ARN polimerasa eucariótica (ARN polimerasa II) requiere de la acción conjunta de un grupo de al menos 15 proteínas reguladoras denominadas factores generales de la transcripción, que se ensamblan de manera coordinada y secuencial en el promotor de los genes y que son necesarias para la acción de la ARN polimerasa II.
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Factores generales de transcripción
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El hallazgo de que la ARN polimerasa eucariótica por sí sola no puede iniciar la transcripción condujo al descubrimiento de proteínas accesorias, conocidas como factores generales de la transcripción.
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Estas proteínas, TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH y TFIIJ (TF, transcriptional factor, y II, por asociarse a la ARN polimerasa II), se ensamblan de forma coordinada en el promotor de los genes y asisten la unión y acción de la ARN polimerasa. El ensamblaje se inicia con la unión del factor transcripcional TFIID a la secuencia TATA en el promotor (formada por dos proteínas diferentes: TBP (TATA binding protein) y TAF (TBP associated factor). Después se incorporan los factores TFIIA y TFIIB, y sólo entonces la ARN polimerasa II, formando complejo con TFIIF se une al promotor. TFIIE, TFIIH y TFIIJ se acoplan después a este complejo. Una vez reunidos todos estos elementos, TFIIE, con su acción de helicasa, desenrolla el ADN y TFIIH fosforila la ARN polimerasa II en su dominio CTD, lo que produce su activación. En este momento se liberan todos los componentes del complejo de los factores generales de transcripción y se inicia la transcripción de un gen determinado (figura 7-5).
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Factores transcripcionales inducibles
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Es un grupo de factores transcripcionales que pueden actuar como activadores, si estimulan la transcripción de los genes, o como represores, si la inhiben. Un solo gen puede controlarse mediante la unión de varios factores transcripcionales. Por otro lado, un mismo factor transcripcional puede unirse a los potenciadores de varios genes y controlar la expresión de todos ellos. Cada tipo celular tiene un patrón característico de expresión de genes, determinado por el grupo de factores transcripcionales inducibles expresados en esa célula. A esto se le conoce como expresión célula-específica o tejido-específica.
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Estructura de los factores transcripcionales
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Debido a que los factores transcripcionales son proteínas, su análisis conformacional y cristalográfico ha permitido conocer que todos ellos presentan dominios con estructura similar que les permiten unirse al ADN o a otros factores transcripcionales y formar grandes complejos que regulan la expresión de los genes. En su región de contacto con el ADN, existe una serie de aminoácidos básicos (cargados positivamente) que le facilitan su unión al ADN, que tiene carga negativa. Las posibles estructuras que pueden observarse en un factor transcripcional son cuatro: hélice-vueltahélice, hélice-asa-hélice, dedos de cinc y zipper de leucinas.
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Fueron las primeras proteínas de unión al ADN que se reconocieron; de hecho, la mayoría de las proteínas que se unen al ADN tienen esta conformación. Estas proteínas constan de dos estructuras α-hélice, unidas por una cadena corta de aminoácidos, lo que provoca un giro específico en cada una de las α-hélice y facilita su unión al ADN. Un ejemplo de este tipo de factor transcripcional es el represor del operón Lac.
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Los factores transcripcionales que presentan esta estructura constan de una α-hélice corta conectada por una horquilla a otra α-hélice igual o más grande, formando homodímeros o heterodímeros. El factor transcripcional Oct-1 presenta esta conformación.
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Un tercer grupo de proteínas de unión al ADN está formado por una estructura α-hélice y una β-plegada, o dos α-hélices unidas por uno o más átomos de cinc, que adquiere una forma similar a uno o más dedos. Entre los factores transcripcionales que presenta esta estructura están los receptores de esteroides, los glucocorticoides y estrógenos, y el factor transcripcional SP1 (de los descritos en primer lugar).
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La mayoría de los factores transcripcionales con esta estructura forman dímeros para lograr una unión más fuerte al ADN, que se facilita por la presencia de residuos de lisina en los dos monómeros alternados cada siete u ocho aminoácidos. Las lisinas les permiten realizar interacciones hidrofóbicas que mantienen unidas a las dos subunidades.
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El factor transcripcional AP-1 es un buen ejemplo de este tipo de estructura. Esta proteína es un heterodímero formado por dos subunidades llamadas Fos y Jun (figura 7-6).
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Activación de los factores transcripcionales
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La actividad de los factores transcripcionales se regula en su mayoría por modificaciones postranscripcionales; es decir, la proteína se produce pero permanece inactiva hasta que no recibe una señal de activación. Sin embargo, hay diversos mecanismos por los cuales los factores transcripcionales pueden activarse, que se describen en los siguientes párrafos.
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Transcripción. El factor transcripcional se sintetiza sólo cuando se necesita y se degrada rápidamente por proteólisis de tal manera que nunca se acumula.
Unión ligando-receptor. Un factor requiere de la unión de un ligando para activarse. Un ejemplo de este tipo de factor transcripcional es el receptor de esteroides. El receptor se encuentra inactivo en el citoplasma. Los esteroides, al ser liposolubles, atraviesan la membrana celular por difusión simple, se unen a su receptor en el citoplasma y lo activan, propiciando su transporte hacia el núcleo y su unión al ADN en los promotores de los genes que contengan la secuencia de reconocimiento.
Fosforilación. Es el mecanismo más común para la activación de la mayoría de los factores transcripcionales y consiste en la adición de un grupo fosfato por una cinasa en aminoácidos predeterminados, generalmente serina o treonina del factor transcripcional. El factor transcripcional AP-1 es un ejemplo característico de este mecanismo de activación.
Formación de complejos. El acoplamiento de varias proteínas da como resultado un factor transcripcional activo con capacidad de migrar al núcleo y unirse al ADN. El factor transcripcional AP-1, formado por dos subunidades, Fos y Jun, es un ejemplo característico de este mecanismo de activación.
Liberación del inhibidor. El factor transcripcional se encuentra inactivado por un inhibidor. Cuando éste es fosforilado sufre un cambio conformacional que libera el factor transcripcional y permite su traslado al núcleo y su unión al ADN. El factor transcripcional NF-κB se activa a través de este mecanismo en donde la proteína que funciona como inhibidor es llamada I-κB (figura 7-7).
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Regulación mediante potenciadores (enhancer)
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En 1979 se identificaron ciertas secuencias de nucleótidos en los promotores de genes eucariotes a las que se les llamó potenciadores (enhancer). Estas secuencia sirve como sitio de anclaje de factores transcripcionales inducibles, los cuales, mediante un cambio conformacional y formando una horquilla, interactúan directamente con los factores generales de la transcripción y la ARN polimerasa, para inducir la transcripción.
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De esta manera, la región en el ADN que controla la expresión de un gen está conformada por el promotor y uno o más potenciadores; por lo tanto, la región reguladora es una secuencia de ADN de tamaño variable que controla la velocidad de transcripción. La mayoría de los factores transcripcionales inducibles actúan en complejos, aunque algunos lo hacen de forma individual. De la misma manera, la mayoría de ellos activan la transcripción, aunque también algunos son proteínas represoras que la suprimen. Aunado a esto, un mismo factor transcripcional puede formar parte de complejos que activan o inhiben la transcripción.
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Control postranscripcional
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El control en el inicio de la transcripción es la forma predominante de regulación génica; sin embargo, existen otros controles menos comunes que modulan la expresión de un gen en el paso de ARN a proteínas conocidos como controles postranscripcionales, descritos a continuación y que se enlistan en el cuadro 7-1.
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Atenuación de la transcripción
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En organismos procarióticos, como las bacterias, la expresión de ciertos genes es inhibida por la terminación prematura de la transcripción, un fenómeno conocido como atenuación de la transcripción. En este proceso la cadena de ARN recién sintetizada adopta una estructura que interactúa con la ARN polimerasa, impide su avance e interrumpe la transcripción. Cuando la célula requiere la proteína codificada por este gen, algunas proteínas reguladoras se unen a la cadena naciente de ARN y reacomodan su estructura, con lo que se permite la restauración de la transcripción y, por lo tanto, la producción de una molécula de ARNm completa.
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La atenuación de la transcripción en eucariotes puede ocurrir por distintos mecanismos. En células infectadas por adenovirus o retrovirus (por ejemplo, el virus de inmunodeficiencia humana, VIH) las proteínas que se ensamblan en el promotor determinan si la ARN polimerasa puede truncar la transcripción. Estas proteínas pueden ser diferentes en distintas células y la célula puede controlar el nivel de atenuación de un gen en particular.
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Control del procesamiento del ARN
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Durante la transcripción, en organismos eucariotes se producen ARN precursores llamados tránscritos primarios o pre-ARNm, posteriormente procesados para producir una molécula de ARNm madura a través del proceso de corte y empalme (splicing). El tránscrito primario es aproximadamente 10 veces más grande que el ARNm maduro. En este procesamiento, los intrones se eliminan del tránscrito dejando exclusivamente los exones, para constituir un ARNm maduro. Un mismo tránscrito primario puede procesarse de diversas formas, lo que da lugar a diferentes ARNm y, por lo tanto, a diferentes cadenas polipeptídicas.
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Algunos genes presentan secuencias ambiguas; es decir, regiones que en unos tejidos se consideran exones y en otros, intrones, por lo que en cada tejido se realiza un procesamiento diferente conocido como procesamiento o splicing alternativo, que origina en cada uno de ellos ARNm y proteínas diferentes.
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Este tipo de control postranscripcional se refiere a la modificación en una o más bases en la secuencia del ARNm maduro que provoca cambios en el mensaje original. La modificación más frecuente es el cambio de citocina por uracilo, con lo que la secuencia original se altera hasta en un 50%. El proceso de edición del ARNm es limitado en mamíferos y sólo se ha observado en los genes de ApoB y de la proteína del canal de calcio en el cerebro. En el primer caso, una citocina se cambia por un uracilo, con lo que se genera un codón de terminación prematuro que produce una versión truncada de la proteína. En el segundo caso, se cambia un nucleótido a la mitad de la molécula de ARNm; esto origina el reemplazo de un aminoácido por otro, lo que altera la permeabilidad del canal de calcio.
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Control del transporte de ARN
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Transporte del núcleo al citoplasma. El ARN, como cualquier otra molécula que sale del núcleo, lo hace a través del complejo de poro. Para poder salir del núcleo, el ARN sufre tres modificaciones importantes: la adición del nucleótido modificado 7 metilgualnosina en el extremo 5’, la adición de la cola de PoliA en el extremo 3’ y la eliminación de los intrones (splicing).
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Cuando una molécula de ARNm cruza por un poro nuclear y se introduce en el citoplasma, se encuentra con los ribosomas, que la traducen en una cadena polipeptídica. Si el ARNm codifica para una proteína de secreción o de membrana, la presencia de un péptido señal en la región aminoterminal determina su transporte hacia el retículo endoplásmico. La célula reconoce este péptido tan pronto como sale del ribosoma; entonces, el complejo formado por el ribosoma, el ARNm y la proteína naciente se dirige a la membrana del retículo endoplásmico, donde la cadena polipeptídica terminará de sintetizarse. En otros casos la proteína entera es sintetizada por ribosomas libres en el citosol, y señales en su estructura la dirigen al sitio en la célula en donde se necesita.
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Control de la traducción
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La traducción comienza cuando la subunidad pequeña del ribosoma reconoce el codón de inicio (AUG) en el ARNm. Los nucleótidos vecinos participan en este reconocimiento, en donde se encuentran la secuencia shine-dalgarno en ARNm procariotes y la secuencia kozak en eucariotes (véase el capítulo 6). Si el reconocimiento es deficiente, la subunidad ribosómica ignorará el primer codón AUG y saltará hasta el segundo o el tercero. Este fenómeno, conocido como búsqueda de escape, es una estrategia para producir dos o más proteínas diferentes en su extremo aminoterminal a partir de un mismo ARNm.
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En ARNm virales la traducción se realiza usando este tipo de mecanismos. Estos ARNm cuentan con secuencias de nucleótidos específicas, llamadas sitios internos, que no son reconocidas por el ribosoma, y la traducción se inicia en el segundo codón AUG.
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Modificaciones postraduccionales. Adición de grupos químicos a proteínas
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Otro mecanismo por el cual se puede regular la expresión de un gen es la adición de diferentes grupos químicos a cualquiera de los aminoácidos que conforman una proteína. Sin la adición de estos compuestos la proteína no se convertirá en una proteína madura y funcional. Entre las adiciones más comunes se encuentran las acetilaciones, las carboxilaciones, las metilaciones, las hidroxilaciones y las fosforilaciones.
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Proteínas inhibidoras de la traducción
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La expresión de un gen puede inhibirse si la traducción se bloquea mediante la unión de proteínas inhibidoras en el extremo 5´ del ARNm cerca del sitio de inicio de la traducción. Este tipo de mecanismo se llama control negativo de la traducción.
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Control de degradación del ARNm
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Los ARNm en células bacterianas son muy inestables; su vida media es de pocos minutos. En células eucarióticas el ARNm es más estable, de alrededor de 30 minutos, aunque existen otros con vidas medias más largas, por ejemplo el de la β-globina tiene una vida media de 10 horas. Los ARNm más inestables a menudo codifican para proteínas reguladoras cuya síntesis cambia rápidamente ante un estímulo. La inestabilidad de estos ARNm se debe a que su secuencia rica en A y U en la región 3’ no traducida (UTR) acelera la eliminación de la cola de poli-A y, por ende, la degradación del ARNm. Otros ARNm son reconocidos en sus extremos 3’ UTR por endonucleasas que cortan el ARNm. Sin embargo, la estabilidad de un ARNm cambia en respuesta a señales extracelulares.
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Por ejemplo, el ARNm que codifica para las histonas, en la fase S del ciclo celular, periodo en el que se sintetiza el ADN y se requiere de nuevas histonas para su empaquetamiento, tiene una vida media de 1 hora; cuando termina la fase S, los ARNm se degradan en pocos minutos. De igual forma, si la síntesis de ADN es inhibida con algún fármaco, la acumulación de histonas libres induce la degradación de su ARNm. Por ello, la degradación del ARNm depende de las señales que actúen en su extremo 3’, donde se encuentra la cola de poli-A.
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La adición de la cola de poli-A a un ARNm recién sintetizado ocurre en organismos eucariotes y se lleva a cabo en el núcleo. Su longitud es variada y cuenta con un promedio de 200 nucleótidos. Una vez en el citoplasma, esta cola se va acortando con el tiempo. No se han observado colas de menos de 30 adeninas, lo que sugiere que éste es el tamaño mínimo requerido para mantener la estabilidad del ARNm.
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Interrupción de la traducción
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El proceso de síntesis de proteínas es automático, esto es, una vez iniciado debe terminarse. En casos especiales, un proceso denominado recodificación traduccional puede alterar el proceso de traducción. Los tipos de recodificación observados con más frecuencia son los cambios en el marco de lectura y se observan sobre todo en virus; los retrovirus lo hacen de manera ordinaria. Estos virus producen un solo ARNm del cual se sintetizan tanto las proteínas de la cápside (proteínas Gag) como sus enzimas (transcriptasa inversa, integrasas, proteasa y proteínas Pol). Como los virus necesitan más proteínas Gag que Pol provocan un ajuste en su ARNm e inducen la formación de un codón de terminación al finalizar la región Gag, asegurando que sólo se produzcan las proteínas de esta región y eliminando temporalmente la síntesis de las proteínas Pol.
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Existe un último mecanismo de control de la expresión de un gen: la presencia de moléculas de ARN complementarias al ARNm que, al unirse a él, bloquean su transcripción. A este tipo de estrategias se le conoce como ARN antisentido o ARN de interferencia y regulan la expresión de algunos genes tanto en células procariotas como eucariotas (véase el capítulo 27, Terapia génica). Este mecanismo se describió inicialmente en organismos inferiores, pero ahora se sabe que funciona en la mayoría de los organismos. Los estudios experimentales con este tipo de moléculas administradas exógenamente son de gran interés, ya que el bloqueo en la síntesis de una determinada proteína permite entender su funcionamiento completo y comprender de forma más integral su papel en los procesos evolutivos. Se cree que las primeras células carecían de ADN y proteínas y sólo contenían ARN. Estas células primitivas utilizaban el mecanismo antisentido para regular sus funciones (cuadro 7-1).
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Ejercicios de integración
La expresión de un gen en eucariotes se regula en diferentes niveles: unos se realizan en el núcleo y otros en el citoplasma. Indique cuáles suceden dentro del núcleo y cuáles fuera de él.
Indique si es falso o verdadero:
Para la expresión de genes procariotes es necesario que el ARNm salga del núcleo y sufra el proceso de splicing ______________________________________
La ARN polimerasa fosforila los factores transcripcionales para que induzcan la expresión de los genes ______________________________________________
En la regulación pretranscripcional participa la estructura de la cromatina, donde la acetilación de las histonas desempeña un papel muy importante. ______________________________________________
La temperatura y el medio ambiente son factores clave en la expresión de genes en procariotes. ______________________________________________
Los operones son conjunto de genes presentes exclusivamente en mamíferos. ______________________
Indique a qué tipo de organismo pertenecen las siguientes estructuras o procesos: