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Conforme aumenta el descubrimiento de nuevas especies de organismos, es necesario ordenarlas con base en sus características y propiedades; así surge la taxonomía, que, aunque a veces criticada, es fundamental. Uno de los grupos de mayor controversia en su clasificación ha sido el de los hongos; en un inicio fueron incluidos en el reino Plantae, división Mycota y subdivisión Tallophyta, lo cual se originó por la similitud de las setas (hongos macroscópicos) con las plantas; sin embargo, ahora se sabe que una de las diferencias básicas entre ambos radica en que los hongos no llevan a cabo el proceso de fotosíntesis. La segunda clasificación los colocó dentro del reino protista, creado por Haeckel (1866) quien, a su vez, lo dividió en dos grupos: protista inferior —donde se incluía a las bacterias— y protista superior (eucariontes) —para protozoarios, algas y hongos—. No obstante, cada uno de estos organismos guarda características muy diferentes, de manera que en 1956 Copelant y Martin crearon dos nuevos reinos, que más tarde Whittaker (1969) modificó en: Monera, para las bacterias y otros microorganismos, y Fungae, para los hongos y líquenes. En la actualidad muchos consideran seis reinos que componen la naturaleza: Arqueobacteria (bacterias primitivas con genoma reducido), Monera (bacterias verdaderas), Protista (organismos uni o pluricelulares que no componen tejidos), Fungi, Plantae y Animalia.
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Con las nuevas propuestas de clasificación de los reinos (cuadro 2-1), los recientes ordenamientos están basados en las características morfológicas, fisiológicas y sobre todo de biología molecular. Desde 1997, Hawksworth escribió que el número aproximado de hongos sería de 1.5 millones, la mayoría no clasificados aún y calculó que había seis especies de hongos por cada una de plantas. Kendrick, en 2002, propuso la creación de siete reinos: dos basados en células procarióticas y cinco en células eucarióticas. Esta propuesta ha sido bien recibida por la comunidad científica, aunque no todos los grupos la aceptan.
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Se calcula hoy en día que en el reino Fungi existen más de 100 000 especies, y para que se tenga una idea de lo compleja que es la taxonomía fúngica, se calcula que de éstas hay 400 000 nombres y sinónimos, además de muchas otras que están prácticamente “en espera de ser descubiertas y clasificadas”; hay un cálculo (Hibbett) de cerca de un millón de nuevas especies. Sin embargo, el mundo de los hongos patógenos primarios y oportunistas se limita en promedio a 300 especies (0.4%), aunque ...