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Entamoeba histolytica ha sido reclasificada en dos especies de morfología idéntica, pero distintas desde el punto de vista genético: E. histolytica, el parásito invasivo, y E. dispar, el no invasivo que ocasiona colonización intestinal asintomática; ambas pueden coexistir en el mismo paciente. La forma cutánea se origina por el protozoario E. histolytica, única especie de este género patógena para el humano, que se encuentra en forma de quistes y trofozoítos, y es un parásito habitual de la pared del colon, en especial del colon sigmoide. El ciclo vital es sencillo; tiene tres etapas: a) trofozoítos (forma invasora), que se dividen por fisión binaria, viven en el colon y pueden penetrar en la pared del mismo, y a veces de los vasos sanguíneos, donde producen quistes con cuatro núcleos; b) quistes (forma infecciosa o por ingestión), que se expulsan en las heces, pueden sobrevivir en el ambiente varios días, y contaminar el agua y los alimentos, y c) metaquistes.
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El huésped portador o enfermo expulsa los quistes por las heces, y el individuo sano los ingiere en alimentos o bebidas, o los adquiere por medio de fómites o moscas contaminadas; sobreviven en el medio ácido del estómago, y en el íleon se transforman en trofozoítos.
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El trofozoíto invade la piel por inoculación directa de una amebiasis intestinal, de un absceso hepático amebiano, por intervención quirúrgica (colostomía), o por contacto sexual oroanal o genitoanal; asimismo, es posible la invasión indirecta por vía hematógena o linfática. La humedad, las fisuras o las heridas pequeñas favorecen la penetración; el daño es causado por invasión directa, fagocitosis, enzimas líticas y otras moléculas que produce la ameba; luego se agregan otras bacterias que parecen potenciar la patogenicidad de la ameba. Predisponen la mala higiene, el hacinamiento, la promiscuidad y la pobreza.
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Acanthamoeba spp., Naegleria fowlery y Balamuthia (Leptomyxida) mandrillaris, son amebas de vida libre, se adquieren por actividades en contacto con agua dulce. Pueden generar infección en personas con alteraciones inmunitarias, en especial síndrome de inmunodeficiencia adquirida (SIDA), y causar enfermedad diseminada, encefalitis, y lesiones cutáneas de tipo papulonodular o celulitis; la primera causa queratitis, la segunda meningoencefalitis fulminante y la tercera encefalitis granulomatosa, con afección de piel y nasofaringe.