ARS:
secuencia replicante de manera autónoma; el origen de la replicación en levaduras.
Autorradiografía:la detección de moléculas radiactivas (p. ej., DNA, RNA, proteína) mediante visualización de sus efectos sobre película fotográfica o de rayos X.
Bacteriófago:un virus que infecta a una bacteria.
Biblioteca:colección de fragmentos clonados que representa, en conjunto, todo el genoma. Las bibliotecas pueden ser DNA genómico (en el cual están representados tanto los intrones como los exones) o cDNA (en el cual sólo están representados los exones).
CAGE:análisis de capucha o casquete de la expresión génica. Un método que permite la captura, amplificación, clonación y secuenciación selectivas de mRNA por medio de la estructura cubierta (capucha) 5′.
cDNA:una molécula de DNA monocatenario que es complementaria a una molécula de mRNA, y se sintetiza a partir de la misma por medio de la acción de transcriptasa inversa.
chIP, inmunoprecipitación de cromatina:una técnica que permite la determinación de la ubicación exacta de una proteína, o isoforma de proteína, particular, en cualquier ubicación genómica particular en una célula viva. El método se basa en el entrecruzamiento de células vivas, alteración de células, fragmentación del DNA, e inmunoprecipitación con anticuerpos específicos que codifican la proteína cognada enlazada de manera covalente a DNA. Los enlaces covalentes son revertidos, el DNA asociado es purificado, y las secuencias específicas que son purificadas se miden usando cualquiera de varios métodos diferentes.
ChIP-chip, inmunoprecipitación de cromatina analizada por medio de una lectura de salida de hibridación de chip de microarreglo:Un método basado en hibridación en el que se usan técnicas de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) para mapear, en el ámbito del genoma, los sitios de unión in vivo de proteínas específicas dentro de cromatina en células vivas. La unión de secuencia se determina mediante calentamiento y enfriamiento (annealing) de muestras de DNA marcado con fluorescencia a microarreglos (arreglo).
ChIP-Exo, inmunoprecipitación de cromatina valorada por medio de una NGS/lectura de secuenciación profunda después de tratamiento de complejos de proteína-DNA inmunoprecipitados con exonucleasas.Una variación de ChIP-Seq (véase más adelante) que permite precisión en el ámbito de nucleótido en el mapeo y la descripción de elementos cis de DNA unidos por una proteína particular.
ChIP-Seq, inmunoprecipitación de cromatina valorada por medio de una lectura de secuenciación de NGS:localización de unión de DNA genómico en un ChIP determinado mediante secuenciación de alto rendimiento, en lugar de hibridación con microarreglos.
CLIP: un método en el que se usan formación de enlaces covalentes UV para inducir fijación covalente de proteínas separadas a RNA específicos in vivo.Los RNA que están unidos a proteína después se pueden purificar a partir de lisados de células mediante inmunoprecipitación y secuenciación subsiguiente.
Clona:un gran número de organismos, células o moléculas que son idénticas con un organismo, célula o molécula progenitor único.
Código epigenético:los modelos de modificación de DNA cromosómico (esto es, metilación de citocina) y modificaciones postraduccionales de histona nucleosómica. Estos cambios del estado de modificación pueden llevar a alteraciones notorias de la expresión de gen. Aun así, es notable que la secuencia de DNA subyacente real involucrada no cambia.
Cósmido:un plásmido hacia el cual se han insertado las secuencias de DNA del bacteriófago lambda que son necesarias para la aglomeración de DNA (sitios cos); esto permite que el DNA del plásmido se aglomere in vitro.
CRISPER/Cas:un “sistema inmune” procarionte que confiere resistencia a genes externos provenientes de bacteriófagos. Este sistema proporciona una versión bacteriana de inmunidad adquirida. El RNA derivado de espaciador CRISPR (repeticiones palindrómicas cortas regularmente interespaciadas, agrupadas [Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats]) se combina con la nucleasa Cas para dirigir y dividir específicamente el DNA de fago invasor, lo que desactiva estos genomas invasores y protege a la bacteria contra infección por fago productiva y lisis.
DNA con extremo pegajoso:cadenas únicas complementarias de DNA que sobresalen desde extremos opuestos de un DNA dúplex o forman los extremos de diferentes moléculas dúplex (véase también DNA con extremo romo).
DNA con extremo romo:dos cadenas de un DNA dúplex que tienen extremos que están alineados entre sí.
DNA recombinante:el DNA alterado que se produce por la inserción de una secuencia de desoxinucleótidos no previamente presente, hacia una molécula de DNA existente, por medios enzimáticos o químicos.
Electrotransferencia Northern:un método para transferir RNA desde un gel de agarosa o de poliacrilamida hacia un filtro de nitrocelulosa, en el cual el RNA puede detectarse mediante una sonda idónea.
Electrotransferencia Southern:método para transferir DNA desde un gel de agarosa hacia filtro de nitrocelulosa, en el cual el DNA se puede detectar mediante una sonda idónea (p. ej., DNA o RNA complementario).
Electrotransferencia Southwestern:método para detectar interacciones entre proteína y DNA al aplicar una sonda de DNA marcada a una membrana de transferencia que contiene una proteína renaturalizada.
Electrotransferencia Western:método para transferir proteína hacia un filtro de nitrocelulosa, en el cual la proteína se puede detectar mediante una sonda idónea (p. ej., un anticuerpo).
Empalme:la eliminación de intrones del RNA, acompañada por la unión de sus exones.
Empalmeosoma:el complejo macromolecular que se encarga del empalme de mRNA precursor. El empalmeosoma consta de al menos 5 RNA nucleares pequeños (snRNA; U1, U2, U4, U5 y U6) y muchas proteínas.
ENCODE Project:Encyclopedia of DNA Elements Project; un esfuerzo de múltiples laboratorios de todo el mundo para proporcionar una representación detallada, informativa desde el punto de vista bioquímico, del genoma humano usando métodos de secuenciación de alta capacidad de procesamiento para identificar y catalogar los elementos funcionales dentro del genoma humano.
Endonucleasa:una enzima que divide enlaces internos en el DNA o el RNA.
Enzima de restricción:una endodesoxinucleasa que ocasiona división de ambas cadenas de DNA en sitios muy específicos dictados por la secuencia de bases.
Escinucleasa:la nucleasa de escisión comprendida en la reparación de DNA por intercambio de nucleótido.
Establecimiento de huella digital:el uso de RFLP o de DNA de secuencia de repetición para establecer un modelo único de fragmentos de DNA para un individuo.
Establecimiento de huella digital del pie:el DNA con proteína unida es resistente a digestión por enzimas DNasa. Cuando se realiza una reacción de secuenciación usando ese DNA, se detectará un área protegida, que representa la “huella digital del pie” de la proteína unida, porque las nucleasas son incapaces de dividir el DNA directamente unido por la proteína.
Exoma:la secuencia de nucleótidos de todos los exones de mRNA expresados en una célula, tejido, órgano u organismo particular. El exoma difiere del transcriptoma, que representa la totalidad de transcritos de genoma; el exoma representa un subgrupo de secuencias de RNA que componen el transcriptoma.
Exón:la secuencia de un gen que se representa (expresa) como mRNA.
Exonucleasa:enzima que divide nucleótidos desde los extremos 3′ o 5′ del DNA o RNA.
FISH:hibridación in situ fluorescente, método que se usa para mapear la ubicación de secuencias de DNA específicas dentro de núcleos fijos.
GRO-Seq, secuenciación Global Run-on:un método en el cual transcritos nacientes son captados de manera específica y secuenciados usando secuenciación de nueva generación (NGS)/secuenciación profunda. Este método permite el mapeo de la ubicación de complejos de transcripción activos.
Hibridación:la reasociación específica de cadenas complementarias de ácidos nucleicos (DNA con DNA, DNA con RNA, o RNA con RNA).
Horquilla:un tramo de doble hélice constituido por formación de pares de bases entre secuencias complementarias vecinas de una cadena única de DNA o RNA.
Inserto:un tramo adicional de pares de bases en el DNA, por lo general introducido mediante las técnicas de tecnología de DNA recombinante.
Intrón:la secuencia de un gen que codifica para mRNA que se transcribe pero que se escinde antes de la traducción. Los genes que codifican para tRNA también pueden contener intrones.
Ligadura:la unión catalizada por enzima en enlace fosfodiéster de dos tramos de DNA o RNA hacia uno; las enzimas respectivas son DNA y RNA ligasas.
Líneas:secuencias repetidas entremezcladas largas.
miRNA:microRNA, especies de RNA de 21 a 22 nucleótidos de largo derivadas a partir de unidades de transcripción de RNA polimerasa II, de 500 a 1 500 bp de longitud por medio de procesamiento de RNA. Se cree que estos RNA, recién descubiertos, desempeñan funciones cruciales en la regulación de gen mediante alterar la función del mRNA.
Molécula quimérica:una molécula (p. ej., DNA, RNA, proteína) que contiene secuencias derivadas de dos especies diferentes.
NET-seq, secuenciación de alargamiento nativo:análisis en el ámbito de genoma de extremos 3′ de cadena naciente de mRNA eucarionte mapeados a resolución en el ámbito de nucleótido. Los complejos de alargamiento de RNA polimerasa II son captados por medio de inmunopurificación con IgG anti-Pol II, y RNA nacientes que contienen un grupo 3′OH libre son marcados por medio de ligadura con un enlazador de RNA y después amplificados mediante PCR y sujetados a secuenciación profunda.
Oligonucleótido:una secuencia corta y definida de nucleótidos unidos entre sí en el enlace fosfodiéster típico.
Ori:el origen de replicación de DNA.
PAC:un vector de clonación de alta capacidad (70 a 95 kb) basado en el bacteriófago P1 de E. coli lítico que se replica en bacterias como un elemento extracromosómico.
Palíndromo:secuencia de DNA dúplex que es la misma cuando las dos cadenas se leen en direcciones opuestas.
Plásmido:pequeña molécula circular, extracromosómica, de DNA, que se replica de modo independiente del DNA huésped.
Polimorfismo microsatélite:heterocigosidad de una cierta repetición microsatélite en un individuo.
Primosoma:el complejo móvil de helicasa y primasa que está involucrado en la replicación del DNA.
Proteoma:la colección completa de proteínas expresadas en un organismo.
Reacción en cadena de polimerasa (PCR):método enzimático para el copiado repetido (y, de esta manera, la amplificación) de las dos cadenas de DNA que constituyen una secuencia de gen particular.
RIP:un método de inmunoprecipitación de RNA, efectuado como ChIP, que se usa para asignar una puntuación a la unión específica de una proteína a un RNA específico in vivo. En la RIP se usa formación de enlaces covalentes de formaldehído para inducir fijación covalente de proteínas a RNA (véase también CLIP).
RNA-Seq:un método en el cual poblaciones de RNA celular son convertidas, por medio de ligadura a enlazador y PCR, en cDNA que a continuación quedan sujetos a secuenciación profunda para determinar la secuencia completa de esencialmente todos los RNA en la preparación.
RT-PCR:método usado para cuantificar las concentraciones de mRNA, que se fundamenta en un primer paso de copia de cDNA de mRNA catalizado por la transcriptasa inversa antes de amplificación con PCR y cuantificación.
Secuencias de repetición microsatélite:secuencias de repetición dispersas o en grupo, de 2 a 5 bp repetidas hasta 50 veces. Pueden suceder en 50 000 a 100 000 ubicaciones en el genoma.
Señal:el producto terminal observado cuando una secuencia específica de DNA o RNA se detecta mediante autorradiografía o algún otro método. Generalmente se usa hibridación con un polinucleótido radiactivo complementario (p. ej., por medio de electrotransferencia Southern o Northern) para generar la señal.
Seudogén:un segmento de DNA inactivo que surge por mutación de un gen activo progenitor; típicamente se genera por transposición de una copia de cDNA de un mRNA.
Sines:secuencias de repetición entremezcladas cortas.
SiRNA:RNA silenciadores, de 21 a 25 nt de longitud, generados por degradación nucleolítica selectiva de RNA bicatenarios de origen celular o viral. Los siRNA se renaturalizan a diversos sitios específicos dentro del blanco en RNA que conducen a degradación de mRNA, de ahí el nombre “noqueo (knock-down) de gen”.
SNP:polimorfismo de nucleótido único. Se refiere al hecho de que la variación genética de nucleótido único en la secuencia del genoma existe en loci separados en todos los cromosomas. La medición de diferencias de SNP alélicas es útil para estudios de mapeo de gen.
snRNA:RNA nuclear pequeño. Esta familia de RNA se conoce mejor por su función en el procesamiento de mRNA.
Sonda:una molécula usada para detectar la presencia de un fragmento de DNA o RNA específico en, por ejemplo, una colonia de bacterias que se forma a partir de una biblioteca genética o durante análisis por medio de técnicas de electrotransferencia; las sondas comunes son moléculas de cDNA, oligodesoxinucleótidos sintéticos de secuencia definida o anticuerpos contra proteínas específicas.
Tándem:usado para describir múltiples copias de la misma secuencia (p. ej., DNA) que yacen adyacentes entre sí.
Terminal transferasa:enzima que añade nucleótidos de un tipo (p. ej., residuos desoxiadenonucleotidilo) al extremo 3′ de cadenas de DNA.
Traducción:síntesis de proteína usando mRNA como plantilla.
Traducción de muesca:técnica para marcar DNA que se basa en la capacidad de la DNA polimerasa de E. coli para degradar una cadena de DNA que se ha mellado, y después para volver a sintetizar la cadena; si se emplea un nucleósido trifosfato radiactivo, la cadena reconstruida queda marcada y puede usarse como una sonda radiactiva.
Transcripción:síntesis de ácidos nucleicos dirigida por DNA plantilla; típicamente síntesis de RNA dirigida por DNA.
Transcripción inversa:síntesis de DNA dirigida por RNA, catalizada por la transcriptasa inversa.
Transcriptoma:la colección completa de mRNA expresados en un organismo, célula, tejido u órgano; incluye mRNA y ncRNA.
Transgénico:describe la introducción de DNA nuevo hacia células germinales por medio de su inyección hacia el núcleo del huevo.
Variación del número de copias (CNV):cambio del número de copias de regiones de DNA genómicas específicas entre dos o más sujetos. Las CNV pueden ser tan grandes como de 106 bp de DNA, e incluir deleciones o inserciones.
Vector:un plásmido o bacteriófago hacia el cual puede introducirse DNA extraño para los propósitos de clonación.