Capítulo 175: Infecciones por micobacterias no tuberculosas

Los términos micobacterias no tuberculosas (NTM, nontuberculous mycobacteria), micobacterias atípicas, micobacterias distintas de las tuberculosas y micobacterias ambientales denotan los microorganismos diferentes de Mycobacterium tuberculosis, sus parientes cercanos (M. bovis, M. caprae, M. africanum, M. pinnipedii, M. canetti) y M. leprae. El número de especies de NTM identificadas va en aumento y así seguirá, gracias al empleo de la tipificación de secuencias de DNA para definir la especie. El número de especies identificadas rebasa las 170. Las NTM son muy adaptables y habitan en entornos hostiles, que incluyen solventes industriales.

Las micobacterias no tuberculosas abundan en la tierra y el agua. Algunos microorganismos específicos tienen nichos "recurrentes", como sería el caso de M. simiae en algunos acuíferos; M. fortuitum en aguas de pedicure y M. immunogenum en líquidos para trabajar metales. Muchas micobacterias de esta índole causan enfermedad en seres humanos sólo en raras ocasiones, salvo que se deteriore o disminuya algún elemento de las defensas del hospedador, como en la bronquiectasia, o que haya transgresión, como por inoculación (como en liposucción, traumatismo o cirugía cardiaca). Hay pocos casos de transmisión de NTM de una persona a otra, lo cual ocurre casi de modo exclusivo en la fibrosis quística. Las infecciones por NTM son notificadas muy pocas veces a las instituciones de salud y a veces es difícil identificarlas, por lo que no se cuenta con datos fiables sobre su incidencia y prevalencia. La enfermedad diseminada denota disfunción inmunitaria importante (como en la infección por VIH avanzada), en tanto que la neumopatía, que es mucho más frecuente, guarda una relación cercana con defectos del epitelio pulmonar, pero no con inmunodeficiencia general.

En Estados Unidos, durante muchos años la incidencia y la prevalencia de infección pulmonar por NTM, casi siempre asociada con bronquiectasia (cap. 284), se han incrementado varias veces, en comparación con las cifras correspondientes a la tuberculosis, y las tasas de la primera van en aumento en ancianos, mientras que las tasas de tuberculosis continúan en descenso. En personas con fibrosis quística que a menudo tienen bronquiectasia, las tasas de infección clínica por NTM van de 3 a 15%, con cifras todavía mayores en ancianos. Es posible identificar NTM en el esputo de muchas personas, pero es de suma importancia diferenciar entre la enfermedad activa y el comensalismo de algunos microorganismos. En Estados Unidos, la American Thoracic Society ha elaborado un esquema que puede ayudar a establecer el diagnóstico apropiado de infección pulmonar causada por NTM y se usa de manera generalizada. La mayor parte de los casos de enfermedad por micobacterias no tuberculosas en Norteamérica es causada por M. kansasii, componentes del complejo de M. avium (MAC; M. avium complex) y por M. abscessus.

En Europa, Asia y Australia, la distribución de NTM en piezas clínicas es muy similar a la que se encuentra en Norteamérica, las que se encuentran con más frecuencia son bacterias del género de MAC y microorganismos de proliferación rápida como M. abscessus. En el norte de Europa destacan en particular M. xenopi y M. malmoense. M. ulcerans ocasiona la peculiar entidad clínica denominada úlcera de Buruli, que se observa en todas las zonas tropicales, en particular en el oeste de África. M. marinum es causa frecuente de infecciones de piel y tendones en regiones costeras y en personas en contacto con tanques de peces o albercas.

Es difícil determinar la verdadera epidemiología internacional de infecciones causadas por NTM, porque el aislamiento de estos microorganismos no suele notificarse y muy a menudo no se definen las especies de M. tuberculosis o NTM. Esto último representa un problema especialmente importante durante el tratamiento de la tuberculosis cuando los frotis positivos para bacilos acidorresistentes se consideran evidencia de falla del tratamiento. La posibilidad de identificar y asignar cada vez con más facilidad la especie de dichos microorganismos ya tiene un efecto sustancial en la descripción de la epidemiología internacional dinámica de la tuberculosis y las infecciones por NTM.

La exposición a NTM en esencia es universal, pero la enfermedad es rara; ante tal situación cabe suponer que deben ser potentes las defensas normales del hospedador contra dichos gérmenes y que personas por lo demás sanas en las que aparece enfermedad grave muy probablemente tienen factores de susceptibilidad específicos que permiten que NTM se establezcan, se multipliquen y causen enfermedad. Con el advenimiento de la infección por VIH, se reconoció que los linfocitos T CD4+ constituían células efectoras decisivas contra NTM; la aparición y propagación de enfermedad por MAC diseminada guardó una relación cercana con la disminución del número de los linfocitos T CD4+. También se ha dicho que esta disminución interviene en la infección por MAC diseminada en sujetos con linfocitopenia T CD4+ idiopática. Los inhibidores potentes del factor de necrosis tumoral α (TNF-α, tumor necrosis factor α), como infliximab, adalimumab, certolizumab, golimumab y etanercept, neutralizan dicha citocina que es muy importante, con la inhibición consecuente del desarrollo de un granuloma. El resultado ocasional es la infección micobacteriana o micótica muy grave; tales asociaciones señalan que TNF-α es un elemento crucial en el control micobacteriano. Sin embargo, en casos en que no se encuentran estos factores de riesgo, gran parte de las bases genéticas de la susceptibilidad a la infección diseminada por NTM lo explican las mutaciones específicas en la síntesis de interferón-γ (IFN-γ)/interleucina 12 (IL-12), y en las vías de respuesta.

Lo característico es que las micobacterias sean fagocitadas por macrófagos que reaccionen con la producción de IL-12, heterodímero compuesto de las fracciones IL-12p35 e IL-12p40 que en conjunto integran IL-12p70. IL-12 activa a los linfocitos T y linfocitos citolíticos naturales, por medio de la unión con su receptor (compuesto de IL-12Rβ1 e IL-12Rβ2/IL-23R) con fosforilación resultante de STAT4. La estimulación de STAT4 por parte de IL-12 hace que se secrete IFN-γ, lo cual activa a neutrófilos y macrófagos para producir oxidantes reactivos, intensificar la expresión del complejo de histocompatibilidad mayor y los receptores Fc y concentrar en el interior de la célula a algunos antibióticos. El envío de señales de IFN-γ por medio de su receptor (compuesto de IFN-γR1 y de IFN-γR2) origina fosforilación de STAT1 que a su vez regula los genes que reaccionan a IFN-γ, como los que codifican IL-12 y TNF-α. Este último envía señales por su propio receptor mediante un complejo anterógrado que contiene al modulador esencial del factor nuclear κB (NFκB) (NEMO). En consecuencia, el asa de retroalimentación positiva entre IFN-γ e IL-12/IL-23 activa la respuesta inmunitaria ante las micobacterias y otros cuadros de infección intracelular. Estos genes son de importancia decisiva en la vía del control de micobacterias: se han identificado mutaciones mendelianas específicas en IFNGR1, IFNGR2, STAT1, GATA2, ISG15, IRF8, IL-12A, IL-12RB1, IL-12RB2, CYBB (que codifica la proteína gp91^phox de la NADPH oxidasa) y en IKBKG (que codifica a NEMO) (fig. 175-1). A pesar de la identificación de genes asociados con la enfermedad diseminada sólo 70% de los casos de infecciones diseminadas de tipo micobacteriano no tuberculoso que no están relacionadas con la infección por VIH tiene un origen genético; la deducción es que quedan por identificar más genes de susceptibilidad a micobacterias y vías correspondientes.

A diferencia de los genes y mecanismos identificados, que intervienen en la infección por micobacterias no tuberculosas diseminadas, el cuadro primario mejor identificado de infección pulmonar por NTM es la bronquiectasia (cap. 284). Muchas de las formas perfectamente definidas de la bronquiectasia, como fibrosis quística, discinesia ciliar primaria, síndrome de hiper-IgE con deficiencia de STAT3 y bronquiectasia idiopática, tienen vínculos importantes con la infección por micobacterias no tuberculosas. No se conoce el mecanismo exacto por el cual la bronquiectasia predispone a afectación local y destructiva, pero no a la de tipo general o sistémico.

A diferencia de la infección diseminada o pulmonar, el llamado "pulmón por bañeras calientes" representa hipersensibilidad de dichos órganos a NTM, muy a menudo microorganismos MAC que proliferan en bañeras calientes poco cloradas, a menudo en espacios cerrados.

Enfermedad diseminada

Las infecciones por MAC o M. kansasii diseminadas, en sujetos con infección por VIH avanzada son poco frecuentes en Norteamérica, gracias a la profilaxis antimicobacteriana eficaz y al mejoramiento del tratamiento de la infección por VIH. En la época en que era común dicha enfermedad por micobacterias, el sitio de penetración era el intestino, y de ahí se propagaba a la médula ósea y al torrente sanguíneo. Como dato sorprendente, son muy raras en pacientes infectados por VIH las infecciones diseminadas causadas por NTM de proliferación rápida (como M. abscessus, M. fortuitum), incluso en los que están en etapa muy avanzada de la infección por dicho virus. Estos microorganismos tienen baja virulencia intrínseca y se diseminan sólo cuando hay deficiencia inmunitaria; por eso, la enfermedad diseminada suele ser indolente y progresiva en el curso de semanas o meses. Las manifestaciones típicas de malestar general, fiebre y pérdida de peso suelen acompañarse de organomegalia, linfadenopatía y anemia. Se necesitan cultivos o tinciones especiales para identificar los microorganismos, por lo que el elemento determinante para el diagnóstico es la sospecha de infección por NTM. Los cultivos de sangre pueden ser negativos, pero en forma característica, los órganos afectados pueden tener un número importante de los microorganismos, a veces con una respuesta granulomatosa muy deteriorada.

En el niño, la afectación diseminada (p.ej., la afectación de dos o más órganos), sin una causa yatrógena de fondo debe obligar al médico a investigar la vía de IFN-γ/IL-12. De manera típica, las mutaciones recesivas en IFNGR1 e IFNGR2 ocasionan infección grave por NTM. Por lo contrario, las mutaciones dominantes negativas de IFNGR1 que originan acumulación excesiva de un receptor mutante defectuoso y que interfieren en la superficie celular, inhiben el envío normal de señales de IFN-γ, todo lo cual culmina en osteomielitis por micobacterias no tuberculosas. Las mutaciones dominantes negativas en STAT1 y las mutaciones recesivas en IL-12RB1 tienen fenotipos variables congruentes con sus capacidades residuales de síntesis y respuesta de IFN-γ. Es importante buscar en los varones que tienen infecciones diseminadas por micobacterias no tuberculosas junto con dientes cónicos, en clavija o anodoncia y un perfil anormal del cabello, defectos en la vía que activa NFκB por medio de NEMO (IKBKG). Estos pacientes tienen también defectos en las inmunoglobulinas. Los pacientes con mielodisplasia y enfermedad micobacteriana deben someterse a estudios en busca de deficiencia de GATA2. Un grupo de pacientes identificado en fecha reciente a menudo presentó infecciones diseminadas causadas por NTM de proliferación rápida (predominantemente por M. abscessus), y también otras infecciones por oportunistas, que muestran títulos altos de autoanticuerpos neutralizantes contra IFN-γ. Hasta el momento, este síndrome ha sido notificado más a menudo en mujeres del este asiático.

Los catéteres IV pueden infectarse con NTM, lo que suele suceder por contacto con agua contaminada. En ocasiones M. abscessus y M. fortuitum infectan catéteres profundos permanentes y también las soluciones utilizadas en cirugía oftalmológica, inyecciones subcutáneas y anestésicos locales. Es importante retirar los catéteres infectados.

Neumopatía

Es, con mucho, la forma más frecuente de infección por micobacterias no tuberculosas en Norteamérica y en el resto del mundo industrializado. En Norteamérica, las tasas de enfermedad pulmonar por NTM rebasan por mucho las tasas de tuberculosis. El cuadro inicial habitual consiste en la necesidad de "aclarar" la garganta, tos molesta, y fatiga progresiva, todo ello durante meses o años. Los pacientes a menudo han acudido múltiples veces a médicos y han recibido tratamiento sintomático o transitorio antes de que se entrevea el diagnóstico y se envíen muestras para practicar tinciones y cultivos en busca de micobacterias. No todos los pacientes generan esputo y por esa razón se necesita a veces broncoscopia para el diagnóstico. El típico retraso entre el comienzo de los síntomas y el diagnóstico es de unos 5 años en ancianas. Entre los factores predisponentes están neumopatías de fondo, como bronquiectasia (cap. 284), neumoconiosis (cap. 283), enfermedad pulmonar obstructiva crónica (cap. 286), discinesia ciliar primaria (cap. 284), deficiencia de antitripsina α₁ (cap. 286) y fibrosis quística (cap. 285). A menudo coexisten la bronquiectasia y la infección por micobacterias no tuberculosas y evolucionan en forma sucesiva. Esta situación complica la identificación de la causa en un caso índice particular, pero sin duda la bronquiectasia constituye uno de los factores predisponentes de mayor importancia, que es exacerbada por la infección.

Los componentes del MAC son las causas más frecuentes de infección micobacteriana pulmonar no tuberculosa en Norteamérica, pero las tasas de frecuencia varían un poco en cada región. La infección por estos gérmenes muy a menudo aparece en el sexto o séptimo decenio de la vida en mujeres que durante meses o años han tenido tos y fatiga intermitentes y persistentes, con generación de esputo (o sin ella) o dolor torácico. El conjunto de manifestaciones de la enfermedad pulmonar causada por NTM en una mujer alta y delgada que pudiera tener algunas anomalías de la pared torácica suele denominarse síndrome de Lady Windermere, en recuerdo del personaje del mismo nombre, de la obra de Óscar Wilde. De hecho, la infección pulmonar por MAC afecta más a mujeres blancas ancianas que no fuman que a los varones, y comienza cerca de los 60 años de edad. Las pacientes tienden a ser más altas y delgadas que las personas de la población general y en ellas se advierten con gran frecuencia escoliosis, prolapso de la válvula mitral y anomalías torácicas. Si bien los fumadores varones con enfermedad cavitada del lóbulo superior tienden a mostrar la misma cepa única de MAC por tiempo indefinido, las mujeres no fumadoras con bronquiectasia nodular tienden a mostrar algunas cepas de MAC, simultáneamente, que cambian durante la evolución de su enfermedad.

M. kansasii origina un síndrome clínico que se asemeja decididamente a la tuberculosis y que consiste en hemoptisis, dolor torácico y neumopatía cavitada. Las NTM de proliferación rápida, como M. abscessus, se han asociado con problemas de la motilidad esofágica como acalasia. Los individuos con proteinosis alveolar pulmonar presentan con facilidad infecciones pulmonares por micobacterias no tuberculosas y al mismo tiempo Nocardia; el mecanismo básico puede ser la inhibición de la función de macrófagos alveolares causada por los autoanticuerpos contra el factor estimulante de colonias de granulocitos-macrófagos que aparecen en dichos enfermos.

Ganglios linfáticos cervicales

La forma más frecuente de infección por micobacterias no tuberculosas en niños pequeños en Norteamérica es la linfadenopatía cervical aislada, causada muy a menudo por microorganismos MAC, pero también por otras NTM. El abultamiento cervical se muestra firme y con poco dolor, y son escasos los signos de índole general. Entre las entidades patológicas por incluir en el diagnóstico diferencial de la adenopatía indolora están neoplasias malignas, por lo que se establece el diagnóstico inadvertidamente de muchos niños con infección por NTM en el estudio histopatológico (biopsia); es posible que no se hayan solicitado cultivos y tinciones especiales porque entre las entidades que se consideraron en el diagnóstico diferencial no ocupan los primeros lugares las enfermedades por micobacterias. Las fístulas locales por lo regular muestran resolución completa con la extirpación, la antibioticoterapia o ambos métodos. De igual manera, por lo regular se plantea equivocadamente que la entidad de infección micobacteriana no tuberculosa intratorácica aislada en niños que tal vez se relacione con infección de ganglios cervicales, es cáncer. En las infecciones cervicales aisladas o en las intratorácicas aisladas causadas por NTM, no se han identificado niños con defectos inmunitarios subyacentes, ni los niños afectados padecen después infecciones por otros microorganismos oportunistas.

Enfermedad de piel y tejidos blandos

La afectación cutánea por NTM obliga a que haya una solución de continuidad en la piel para que por ella se introduzcan las bacterias. Hay mayor posibilidad de que surja infección por M. fortuitum en el agua que se usa en los baños de pedicuros si antes de que se realice tal maniobra se produjo alguna abrasión cutánea (p. ej., durante el rasurado de la pierna). Los brotes de infección de la piel suelen ser causados por NTM de proliferación rápida (en particular M. abscessus, M. fortuitum y M. chelonae), que penetran por la contaminación de la piel con instrumentos quirúrgicos (en particular, en la cirugía estética), inyecciones u otras técnicas. En general, estas infecciones se acompañan de nódulos subcutáneos eritematosos y dolorosos que drenan, sin que exista fiebre o síntomas generales concomitantes.

M. marinum vive en muchas fuentes de agua y puede llegar a los seres humanos en tanques de cría de peces, albercas, percebes o escamas de peces; de manera característica dicho microorganismo causa pápulas o úlceras ("granuloma del tanque de peces"), pero la infección evoluciona hasta llegar a tendinitis con disminución importante de la destreza manual. Las lesiones aparecen días o semanas después de la inoculación de los microorganismos patógenos por un pequeño traumatismo (como durante la limpieza de botes o la manipulación de peces). Los nódulos dolorosos al tacto causados por M. marinum tienden a avanzar en sentido ascendente en el brazo siguiendo un patrón que también se observa en Sporothrix schenckii (propagación esporotricoide). La típica afectación del tendón del carpo puede ser la primera manifestación detectable y a veces es el motivo por el cual se hace exploración quirúrgica o inyección de esteroides. El médico debe sospechar fuertemente la posibilidad de infecciones por M. marinum y asegurar que las muestras adecuadas obtenidas durante los procedimientos se enviaron para cultivo.

M. ulcerans, patógeno de la piel que se detecta en el agua aparece más bien en zonas tropicales, en particular las de África. La infección aparece después de traumatismos de la piel o picaduras de insectos por las cuales penetra agua contaminada. Las lesiones cutáneas típicamente son indoloras, son úlceras limpias que se esfacelan y que también pueden acompañarse de osteomielitis. La toxina micolactona es la que ocasiona la moderada respuesta inflamatoria del hospedador y las úlceras indoloras.

Es posible detectar NTM en frotis de esputo u otros líquidos corporales en busca de bacilos acidorresistentes o frotis con fluorocromo. Si el número de microorganismos es grande, el aspecto es de collares de bacilos grampositivos, pero tal signo no es fiable. (Por el contrario, las nocardias pueden tener el aspecto de bacterias grampositivas y con cuentas, pero filamentosas.) Una vez más, el requisito y el elemento más sensible del diagnóstico de cualquier enfermedad por micobacterias es pensar en incluirlas en el diagnóstico diferencial. En casi todos los laboratorios se realizan por separado, y no como parte de los estudios bacteriológicos sistemáticos, la preparación de la muestra, la tinción y el cultivo en busca de micobacterias; por eso, muchas infecciones no son diagnosticadas porque el médico no solicitó que se practicara la prueba apropiada. Además, las micobacterias necesitan medios de cultivo en sangre independientes. Las NTM se pueden diferenciar, de manera general, en las formas de proliferación rápida (<7 días) y proliferación lenta (≥7 días). En forma típica, M. tuberculosis necesita 2 semanas o más para proliferar, por lo que muchos laboratorios sólo transmiten los resultados del cultivo hasta que han transcurrido 6 semanas. Las nuevas técnicas con medios líquidos de cultivo permiten el aislamiento más rápido de micobacterias de las muestras que con los medios tradicionales. Entre las especies que se detectan con mayor facilidad en incubación a 30 °C están M. marinum, M. haemophilum y M. ulcerans. Para M. haemophilum es preferible agregar al medio de cultivo hierro o sangre, en tanto que M. genavense necesita un complemento de micobactina J, que se agrega al medio. Para ayudar a clasificar a las NTM se utiliza la formación bacteriana del pigmento en un medio luminoso (fotocromo-genicidad) o en la oscuridad (escotocromogenicidad) o el hecho de que no se forme el pigmento por la bacteria (no cromogenicidad). A diferencia de NTM, el aspecto de las colonias de M. tuberculosis tiene color beige, son ásperas, secas y planas. Los esquemas de identificación actuales utilizan con bastante certeza elementos como composición bioquímica, ácidos nucleicos o integración de la pared de la micobacteria, y para ello se valen de la cromatografía en líquido de alto rendimiento o la espectrometría de masas, para definir la especie. Con la disminución extraordinaria del número de casos de tuberculosis en Estados Unidos en las últimas décadas, la NTM se ha tornado la micobacteria aislada más a menudo en seres humanos en Norteamérica. Sin embargo, no todas las cepas de NTM aisladas y en particular en el pulmón, son patógenas ni necesitan tratamiento. La identificación de un microorganismo en la sangre o en una muestra de un órgano para biopsia, en una situación clínica compatible, confirma el diagnóstico, pero la American Thoracic Society recomienda establecer el diagnóstico de infección pulmonar por NTM sólo cuando se demuestra claramente la enfermedad, es decir, en una situación clínica y radiográfica apropiada (nódulos, bronquiectasia, cavidades) y que repetidas veces se aísle NTM del esputo expectorado o se le identifique en muestras obtenidas por broncoscopia o biopsia. Ante el gran número de especies de NTM y la importancia del diagnóstico exacto para emprender el tratamiento apropiado, lo ideal es identificar la especie de dichos microorganismos.

El derivado proteínico purificado (PPD, purified protein derivative) de la tuberculina se aplica por vía intradérmica para desencadenar la respuesta de los linfocitos T de memoria a los antígenos de las micobacterias. Otros nombres de la prueba son: prueba cutánea de tuberculina, y prueba de Mantoux. Por desgracia, la respuesta inmunitaria cutánea a dichas proteínas filtradas y obtenidas de bacilos tuberculosos no permite distinguir con exactitud entre la infección por NTM y la causada por M. tuberculosis. Puede haber superposición e innumerables coincidencias entre las reacciones intermedias (en promedio, 10 mm) al PPD en la tuberculosis latente y en las infecciones por micobacterias no tuberculosas, por lo que la disminución progresiva de los casos de tuberculosis activa en Estados Unidos significa que probablemente NTM constituye la causa de una cifra cada vez mayor de casos de reactividad a PPD. Además, el bacilo de Calmette-Guérin (BCG) puede originar algún grado de reactividad cruzada y ello impone problemas de interpretación en el caso de pacientes a los que se ha aplicado la vacuna BCG. La base de las pruebas de liberación de interferón-γ (IGRA; IFN-γ-release assays) son las cuantificaciones de la elaboración de IFN-γ en respuestas a las proteínas ESAT6 y CFP10 que son relativamente específicas de tuberculosis. Las cuantificaciones mencionadas se realizan en sangre entera o en membranas. Es importante destacar que M. marinum, M. kansasii y M. szulgai también tienen ESAT6 y CFP10 y pueden ocasionar reacciones positivas falsas en IGRA. A pesar de la reactividad cruzada con NTM, las reacciones grandes al PPD (>15 mm) muy a menudo denotan la presencia de tuberculosis.

Identificar NTM en muestras de sangre es una prueba clara de enfermedad. Las micobacterias de proliferación rápida pueden multiplicarse en los medios habituales de cultivo con sangre, pero las de proliferación lenta no lo hacen; de este modo, es indispensable sospechar el diagnóstico y utilizar los recipientes correctos para los cultivos. Aislar NTM de una muestra de biopsia constituye una prueba de peso de que existe infección, pero se conocen casos de contaminación en el laboratorio. Identificar los microorganismos en los cortes teñidos de material de biopsia confirma la autenticidad del cultivo. Algunas NTM necesitan temperaturas menores de incubación (M. genavense) o aditivos especiales (M. haemophilum) para proliferar. Algunas NTM (como M. tilburgii) no pueden ser cultivadas pero es posible identificarlas con técnicas moleculares en las muestras clínicas.

La imagen radiográfica de la enfermedad por micobacterias no tuberculosas en los pulmones depende del trastorno primario o de fondo, de la gravedad de la infección y del estudio de imagen que se utilice. El hecho de contar con CT y su empleo cada vez más frecuente ha permitido identificar los cambios característicos que casi siempre se observan en las infecciones por micobacterias no tuberculosas, como el perfil de "árbol floreciendo" de la inflamación bronquiolar (fig. 175-2). En la CT de tórax suele identificarse afectación de los lóbulos superior y medio derecho, pero es difícil detectar tal situación en la radiografía simple. En la enfermedad avanzada a menudo se advierte bronquiectasia grave con formación de cavitación. Genera confusión el aislamiento de NTM de las muestras de vías respiratorias. M. gordonae suele recuperarse de dichas muestras, pero por lo regular no se le identifica en los frotis, y casi nunca constituye un microorganismo patógeno. Los individuos con bronquiectasia a veces tienen NTM, obtenidas en el cultivo del esputo, pero no detectadas en el frotis. La American Thoracic Society ha elaborado guías para el diagnóstico de infección por MAC, M. abscessus y M. kansasii. Para considerar como positivo el diagnóstico se necesita que prolifere NTM en dos de tres muestras de esputo, sin importar los hallazgos del frotis; positividad de una muestra alveolar obtenida por broncoscopio, sin importar los hallazgos del frotis; o un resultado histopatológico de la biopsia del parénquima pulmonar con inflamación granulomatosa o micobacterias en el corte, y NTM en el cultivo. Los lineamientos anteriores posiblemente sean válidos también en el caso de otras NTM.

Muchos laboratorios utilizan sondas de DNA para identificar M. tuberculosis, MAC, M. gordonae y M. kansasii, pero la definición de la especie de NTM permite seleccionar los antimicobacterianos que se usarán en el tratamiento. Es conveniente practicar sólo pruebas en busca de la susceptibilidad de MAC a la claritromicina y de M. kansasii, a la rifampicina; son pocos los datos que respaldan otros métodos in vitro para valorar la susceptibilidad, por más atractivos que parezcan. Los MAC aislados que no han sido expuestos a macrólidos casi siempre son susceptibles a ellos. En el caso de NTM que ha persistido después de un ciclo de antimicrobianos, suele valorarse su susceptibilidad a antibióticos, pero no se ha sabido de la utilidad y el significado de tales pruebas.

La prevención de la enfermedad por MAC en sujetos infectados por VIH comienza cuando el número de linfocitos T CD4+ disminuye a <50 células/μL. Son eficaces fármacos como azitromicina (1 200 mg a la semana); claritromicina (1 000 mg al día), o rifabutina (300 mg al día). No se ha validado en estudios prospectivos la profilaxis con macrólidos en individuos con inmunodeficiencia que son susceptibles a las NTM (p. ej., los que tienen defectos en el eje IFN-γ/IL-12) pero sería prudente hacerlo.

El pronóstico de estas infecciones depende en gran medida del cuadro subyacente (p. ej., un defecto en la vía de IFN-γ/IL-12; fibrosis quística) y varía desde la recuperación hasta la muerte. Si no se da tratamiento o es inadecuado, los síntomas y los signos pueden ser debilitantes e incluyen tos persistente, fiebre, anorexia y destrucción intensa de tejido pulmonar. Por lo general, con el tratamiento los pacientes recuperan su potencia y su energía. Se desconoce la duración óptima del tratamiento cuando persisten NTM en el esputo, pero en tal situación, el manejo puede ser prolongado. En general, para las inmunodeficiencias subyacentes graves, se recomienda el trasplante de células madre hematopoyéticas, y puede ser útil para la resolución de la enfermedad micobacteriana grave.

En muchos países la tuberculosis pulmonar se diagnostica sólo con el frotis, que también es el método utilizado para la vigilancia de la respuesta al tratamiento y recaídas. Sin embargo, el examen de micobacterias del paciente afectado muestra una proporción significativa de cepas que en realidad corresponden a NTM. En términos generales, a medida que disminuye la tasa de tuberculosis, la proporción de frotis positivos ocasionados por NTM se incrementa. Los adelantos en la especiación permitirá diferenciar la tuberculosis de las infecciones micobacterianas no tuberculosas y, por tanto, se modificarán las tasas de supuesta recaída y resistencia, lo que permitirá administrar un tratamiento más dirigido y más apropiado.