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Las micosis subcutáneas afectan fundamentalmente a las personas que viven en el medio rural, y, cuando no se diagnostican a tiempo, son una causa importante de discapacidad, por lo que se debe insistir en el reconocimiento temprano y en la precisión del diagnóstico.
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El micetoma puede ser actinomicético y debe ser tratado con antibacterianos; en cambio, el eumicetoma, o micetoma por hongos, debe ser tratado con antifúngicos orales y por un tiempo muy prolongado. La esporotricosis es una micosis cosmopolita, que predomina entre los campesinos y amas de casa o incluso niños y jóvenes. Hasta hace poco era muy fácil de diagnosticar, sin embargo, la aparición emergente de micobacteriosis atípicas, que son prácticamente idénticas en la clínica, hacen indispensable el aporte del laboratorio para su correcta identificación. En actinomicetoma se han descrito nuevos agentes causales como: Nocardia harenae y Nocardia takedensis. En eumicetoma Madurella grisea se ha reclasificado como Trematosphaeria grisea y Pyrenochaeta mackinnonii como Nigrograna mackinnonii.
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La cromoblastomicosis es una enfermedad crónica de muy difícil resolución y sus especies de hongos negros son cada vez más numerosas como nuevos agentes etiológicos. A pesar del mejor conocimiento de la micología, poco se ha avanzado en el tratamiento. Sigue siendo de elección la extirpación en casos iniciales y tratamiento con itraconazol a dosis altas, en ocasiones combinado con criocirugía.
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Una curiosidad clínica es la micosis causada por Lacazia loboi, ya que son pocos los casos en el mundo. Tiene una muy restringida distribución epidemiológica y una pobre respuesta a los tratamientos propuestos.