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En esta sección se estudian micosis raras, casi todas oportunistas. Algunas se han observado solo una vez o en escasas ocasiones; en otras, no se ha confirmado por completo la relación entre hongo y enfermedad o incluso la causa llega a ser discutible. Dado que son hongos de baja virulencia, es probable que en algunas enfermedades no se desarrolle el agente causal y el hongo aislado sea un patógeno secundario. Este amplio número de enfermedades comprende micosis generadas por mohos o levaduras. La mayor parte de dichas micosis depende de hongos que, por lo general, viven como saprofitos del ambiente y actúan como oportunistas favorecidos por diversas circunstancias actuales, por lo cual el número de hongos en potencia patógenos es ilimitado y su tratamiento difícil; casi siempre se recurre a anfotericina B, 5-fluorocitosina y derivados triazólicos, con resultados variables. Se hallan en investigación nuevos antimicóticos sistémicos.
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Se dividen en hialohifomicosis y feohifomicosis, según se originen por hongos hialinos o por hongos pigmentados (feoides). Las infecciones por Neoscytalidium pueden incluirse en ambos grupos, ya que los agentes causales pertenecen a ambas categorías. Seguramente uno de los hongos más interesantes, que surgió en el Oriente medio y ya se han descrito otros casos en el mundo, es Talaromyces marneffeii, un hongo que afecta fundamentalmente a pacientes con SIDA.
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Dada la muy amplia distribución de los hongos que provocan estas micosis, es importante distinguir entre contaminación, colonización e infección.
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También se incluyen enfermedades por protozoarios acuáticos como Rhinosporidium seeberi. Varios autores aceptan que es un protozoario cercano a los hongos, perteneciente a la clase Mesomycetozoa, relacionado con patógenos y parásitos de peces.
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Asimismo, se presenta información de Trichosporon spp, como un hongo emergente, ahora con muchas especies moleculares y capaz de ocasionar dermatomicosis y no solo piedra blanca; también, como un complemento, la adiaspiromicosis enfermedad de roedores y otros mamíferos pequeños. Se describen diversos padecimientos debidos a algas, como Prototheca, así como microorganismos recién incorporados a los hongos, como Pneumocystis jirovecii, que presenta estenoxenismo, es decir, especificidad de microorganismo-huésped. Incluso se provee información sobre algunos agentes que causan enfermedades en los animales como Phytium insidiosum, que proviene de la misma línea filogenética de microbios protistas, muy relacionados con algas y plantas.