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Nuestros cuerpos, nosotros mismos
Sorprendería a la mayoría de los humanos que estamos colonizados por una gran cantidad y diversidad de microorganismos. Las estimaciones actuales de las proporciones de microorganismos a células humanas varían de 3:1 a 1:1. La mayoría de estos organismos, conocidos como flora o microbiota autóctonas (fig. 2.1), son bacterias con un menor número de arqueas (otro tipo de procariotas), hongos y virus. Los humanos y su microbiota han evolucionado juntos en un superorganismo dinámico e interdependiente. Esta relación suele ser simbiótica (mutuamente beneficiosa de alguna manera) o comensal (no perjudicial). Sin embargo, algunas especies en la microbiota humana normal son patógenos que pueden causar enfermedades si las condiciones lo permiten (p. ej., si el sistema inmunitario está deprimido).
Nuestros cuerpos comienzan a adquirir microbios tan pronto como se rompe el saco amniótico. A medida que los bebés avanzan por el canal de parto, la colonización comienza a medida que se exponen a la microbiota de su madre. En poco tiempo, una gran variedad de microbios se ha establecido en todas las superficies del cuerpo que están expuestas al ambiente externo: piel y ciertas partes de las vías respiratorias, el tubo digestivo y las vías urogenitales. Estos ecosistemas, cada uno con su propio conjunto de condiciones ambientales (p. ej., temperatura, pH y disponibilidad de O2), eventualmente poseen sus propias comunidades características de microorganismos. La mayoría de los organismos microbióticos humanos están en los intestinos (entre 500 y 1 000 especies, según algunas estimaciones), donde proporcionan un espectro de servicios beneficiosos a cambio de un suministro estable de nutrientes y condiciones ambientales favorables. Por ejemplo, numerosas bacterias contribuyen a la digestión de la fibra dietética, un proceso que contribuye con alrededor de 5% de los requerimientos de energía humana, y produce una variedad de moléculas bioactivas. Entre estos se encuentran el acetato, propionato y butirato de ácidos grasos de cadena corta (SCFA, short-chain fatty acids), ...