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La gastroenteritis (GE) puede obedecer a causas infecciosas como virus, bacterias o parásitos, por lo que es importante mantener métodos diagnósticos estandarizados con un abordaje clínico-microbiológico para la identificación oportuna de los microorganismos.
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A nivel mundial se reportan 1.8 mil millones de casos de diarrea anuales, con un promedio anual en países en vías de desarrollo de 3.2 episodios por año en menores de tres años. La gastroenteritis representa la segunda causa de muerte en menores de cinco años y tiene un promedio de 5 000 defunciones por día.
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De acuerdo con la etiopatogenia se describen tres escenarios clínico-microbiológicos diferentes: 1) el primero es la GE adquirida en la comunidad, en la que la transgresión alimentaria e higiene deficiente son los principales factores de riesgo, en este escenario participan agentes como Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Calicivirus, Rotavirus; 2) La GE asociada a los cuidados de la salud, inicia posterior al segundo día de internamiento o egreso hospitalario, se encuentran patógenos como Clostidioides difficile; 3) la GE persistente, con una duración superior a siete días, en la que se encuentran agentes como Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, y Cryptosporidium por mencionar los más comunes.
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La microbiota comensal se localiza principalmente en el colon y parte terminal del íleon. El duodeno y el yeyuno contiene escasa microbiota, y el estómago en ayunas es prácticamente estéril debido al pH ácido. La microbiota fecal normal, cuyo papel fisiológico es importante para el organismo en la síntesis de determinados nutrientes, ejerce una función protectora que impide el sobrecrecimiento de otros microorganismos patógenos y varía según la edad y el régimen alimentario.
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Las heces del niño y del adulto contienen una microbiota muy heterogénea en la que los anaerobios constituyen la fracción predominante, tanto Gram positivos como Gram negativos: Clostridioides, Bacteroides, Bifidobacterium, Eubacterium y Veiollonella.
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Microorganismos como Shigella spp., Salmonella spp., y Campylobacter spp. se deben estudiar de rutina en todos los laboratorios, además de otros agentes como Escherichia coli (tabla 3–1). Otros agentes como Yersinia enterocolitica, Aeromonas sp., Plesiomonas shigelloides, Vibrio cholerae, se pueden aislar mediante medios de cultivo de rutina; sin embargo, es conveniente especificar la sospecha diagnóstica para utilizar medios enriquecidos.
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