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El diagnóstico microbiológico mediante pruebas moleculares desempeña un papel de suma importancia en la identificación oportuna de microorganismos de difícil diagnóstico; tal es el caso de los virus o el lento crecimiento en cultivo, como sucede con los hongos y las micobacterias. Las ventajas de utilizar esta metodología son la poca cantidad de muestra necesaria y el hecho de que se independiza el transporte porque no se requiere la presencia de un microorganismo viable en la muestra; pero sobre todo por su alta sensibilidad y especificidad comparada con otros métodos de diagnóstico microbiológico tradicional: Esto influye en forma directa en el tratamiento adecuado y mejora del paciente, lo cual contribuye al control de la farmacorresistencia al disminuir el uso indiscriminado de antibióticos y reducir la selección por presión selectiva de las cepas resistentes. Otra de las grandes aplicaciones que brindan los métodos moleculares es a nivel epidemiológico, al permitir la caracterización genética de los microorganismos, lo cual aporta información importante sobre clonalidad, diseminación y genes de resistencia de las cepas, y que a su vez contribuye al control de brotes tanto hospitalarios como de la comunidad. Las principales pruebas moleculares en un laboratorio de diagnóstico microbiológico se basan en la amplificación y/o secuenciación de ácidos nucleicos y en la determinación del perfil proteico, esto a través de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR)/secuenciación o de espectrometría de masas, respectivamente.
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Áreas del laboratorio de diagnóstico microbiológico molecular
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En un laboratorio de diagnóstico microbiológico molecular es preciso mantener una atención adecuada al flujo de trabajo para evitar el riesgo de contaminación por amplicones y la contaminación cruzada de las muestras; es recomendable el uso de controles y calibradores, así como la verificación y validación de las pruebas moleculares.
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Para evitar problemas de contaminación se recomienda que este laboratorio cuente con al menos tres áreas delimitadas: a) área de preparación de almacenamiento y preparación de reactivos; b) área de preparación de las muestras o montaje de PCR, y c) área de amplificación y/o secuenciación. Una vez que se han dispuesto las áreas delimitadas se debe evitar compartir materiales o instrumentos entre ellas, sobre todo porque en el área de amplificación hay una elevada concentración de amplicones. Además, es importante que cada espacio cuente con lámparas de luz UV para descontaminación, con recipientes herméticos para los desechos y soluciones de DNAsas y RNAsas. Siempre que se tenga la posibilidad de tener equipos automatizados deberían adquirirse, pues con ello se reduce el tiempo de manejo y exposición tanto de la muestra como del operador, y por ende se minimiza el riesgo de contaminación, con lo cual mejora la calidad y el tiempo del flujo de trabajo.
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Procedimientos del laboratorio de diagnóstico microbiológico molecular
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Existen distintos tipos de laboratorios de diagnóstico molecular, y por lo tanto existirán diferencias entre los procedimientos; sin embargo, ...