Aunque no hay evidencia concluyente de que los NSAID mejoren el dolor asociado con la endometriosis, son opciones razonables en pacientes seleccionadas apropiadamente. Los diversos tratamientos hormonales son eficaces para aliviar el dolor vinculado con endometriosis. En general, estos regímenes terapéuticos se desarrollaron para inhibir la ovulación por cuatro a nueve meses y reducir las concentraciones hormonales, de forma que se impide la estimulación cíclica de los implantes endometriósicos y se induce su atrofia. No se ha definido con claridad la duración óptima del tratamiento; sus méritos relativos en términos de efectos secundarios, beneficios y riesgos a largo plazo muestran diferencias insignificantes cuando se comparan entre sí y, en casos leves, con placebo. Los regímenes médicos más utilizados son los siguientes:
El tratamiento quirúrgico de la endometriosis, en especial cuando es extensa, es eficaz para disminuir el dolor y favorecer la fecundidad. La ablación laparoscópica de implantes endometriósicos disminuye de manera notoria el dolor. La ablación de los implantes y, de ser necesaria, la escisión de endometriomas ováricos, aumentan la fecundidad, aunque las tasas de embarazo subsiguientes guardan relación con la gravedad de la enfermedad. Las mujeres con dolor incapacitante que ya no desean procrear se pueden tratar de manera definitiva con histerectomía total abdominal con salpingooforectomía bilateral. La sustitución hormonal puede indicarse en premenopáusicas para aliviar los síntomas vasomotores.