La enfermedad por IgG4 afecta a cualquier órgano del cuerpo, es localizada o generalizada, tiene el mismo cuadro histopatológico característico en todos los sitios de afectación, produce signos proteicos, según sean el sitio y magnitud de la afectación, y la enfermedad es de intensidad variable, desde asintomática hasta un cuadro que amenaza la viabilidad de órganos o la vida. Con frecuencia, la infiltración inflamatoria de la enfermedad por IgG4 produce masas tumefacientes identificables en la exploración física o en estudios imagenológicos. Algunas de las manifestaciones iniciales comunes son hipertrofia de las glándulas submandibulares, proptosis por infiltración periorbitaria, fibrosis retroperitoneal y mediastínica, aneurisma inflamatorio de aorta y masas en el páncreas con pancreatitis autoinmunitaria. La enfermedad por IgG4 también afecta la tiroides (antes llamada tiroiditis de Reidel), riñones, meninges, hipófisis, senos paranasales, pulmones, próstata, mamas y huesos. Muchos de los pacientes sintomáticos con esta enfermedad tienen un cuadro inicial subagudo; casi nunca hay fiebre ni síntomas generales. Hasta 50% de las personas con enfermedad por IgG4 tiene también trastornos alérgicos como sinusitis o asma.
Las lesiones infiltrativaas en la enfermedad por IgG4 pueden producir tumores o cambios fibróticos que se identifican en la CT o la MRI. Un elemento esencial del diagnóstico es el estudio histopatológico. Los hallazgos histopatológicos clave son infiltrado linfoplasmacítico denso con abundantes plasmacitos de IgG4; fibrosis “estratificada” (en entramado y con remolinos irregulares) y flebitis obliterante. Por lo general, aumentan las concentraciones séricas de IgG4, pero no de forma invariable, así que no se puede utilizar ese signo como criterio diagnóstico.