La deficiencia de vitamina B6 ocasiona un síndrome clínico similar al que se observa con las deficiencias de otras vitaminas del grupo B, como inflamación bucal, glositis, queilosis, debilidad e irritabilidad. La deficiencia grave puede causar neuropatía periférica, anemia y convulsiones. Estudios recientes sugieren una posible relación de las concentraciones bajas de vitamina B6 con varias alteraciones clínicas, como trastornos inflamatorios y ciertos cánceres.