Las más de las veces, la enfermedad inicia de manera repentina con diarrea, cólicos abdominales bajos y tenesmo. Las heces diarreicas se mezclan con sangre y moco. Los síntomas generales son fiebre, escalofrío, anorexia y malestar general, además de cefalea. El abdomen se encuentra hipersensible. La exploración sigmoidoscópica revela mucosa inflamada, ingurgitada, con puntilleo y, algunas veces, grandes zonas de ulceración.
Se observan muchos leucocitos y eritrocitos en heces. El coprocultivo es positivo para Shigella en la mayor parte de los casos, pero en los hemocultivos el microorganismo prolifera en menos de 5% de los casos.