Se estima que en casi 50% de las personas infectadas la infección no es perceptible, alrededor de 10% se vuelve portador asintomático de quistes y 25% a 50% desarrolla un síndrome diarreico agudo. La diarrea aguda puede desaparecer de manera espontánea, pero suele ir seguida de diarrea crónica. El periodo de incubación común es de una a tres semanas, aunque puede ser más prolongado. La enfermedad puede comenzar de manera súbita o gradual. La fase aguda puede durar días o semanas y casi siempre se autolimita. Algunas veces, la enfermedad inicial incluye diarrea acuosa profusa y es necesario hospitalizar al sujeto por deshidratación, sobre todo si se trata de niños pequeños. Los síntomas típicos de enfermedad crónica son cólicos abdominales, distensión, flatulencia, náusea, malestar y anorexia. La fiebre y el vómito son infrecuentes. La diarrea casi nunca es intensa en la etapa crónica de la infección; las heces son grasosas o espumosas y fétidas, sin sangre, pus o moco. La diarrea puede ser diaria o recurrente y es factible que haya estreñimiento entre los episodios diarreicos. Los síntomas pueden persistir semanas a meses. Con frecuencia hay pérdida de peso. En ocasiones, la enfermedad crónica incluye malabsorción, incluidas la enteropatía perdedora de grasa y proteína y las deficiencias vitamínicas.
La mayoría de los pacientes busca atención médica luego de una semana de enfermedad, con una pérdida de peso de 5 kg o más. Las heces casi nunca contienen sangre ni leucocitos. El diagnóstico casi siempre se establece mediante la identificación de trofozoítos o quistes en las heces. Una preparación en fresco de heces líquidas permite identificar los trofozoítos móviles. Las muestras fijadas y teñidas muestran quistes o trofozoítos (eFig. 35–14). Puede ser que los quistes no se detecten en las heces al inicio de la enfermedad. La excreción de los quistes puede prolongarse más allá de la fase aguda de la infección que se autolimita. La sensibilidad del análisis fecal no es óptima; se considera que es de 50% a 80% para una sola muestra y mayor de 90% para tres muestras. En general, ya no se recomienda la obtención de muestra del contenido duodenal con una prueba de cordón ni la biopsia, pero estas últimas son útiles en pacientes muy graves o inmunodeprimidos. Cuando hay sospecha de giardiosis, los análisis de antígenos pueden ser más sencillos y económicos que los exámenes fecales repetidos, pero estas pruebas no permiten identificar otros patógenos fecales. Se encuentran disponibles múltiples análisis que reconocen antígenos de trofozoítos o quistes; casi siempre son muy sensibles (85% a 98%) y específicas (90% a 100%). Se encuentran disponibles paneles que reconocen a Giardia y otros enteropatógenos en heces, pero son de alto costo.