Las manifestaciones clínicas de la anisaquiosis son secundarias a la excavación de los gusanos en las paredes gástrica o intestinal, lo que provoca úlceras circunscritas, edema y formación de granulomas eosinófilos. Los síntomas suelen aparecer en los primeros dos días después de haber ingerido al parásito y comprenden dolor epigástrico o abdominal intenso, náusea y vómito. Los datos intestinales simulan una apendicitis. También se han atribuido a la infección aguda algunos síntomas alérgicos como urticaria, angioedema y anafilaxia. Los síntomas agudos casi siempre desaparecen en dos semanas, pero en ocasiones se observan síntomas crónicos, lo que sugiere enfermedad inflamatoria intestinal, diverticulitis o carcinoma. En casos raros, los gusanos se desplazan hacia otros sitios o se expulsan con la tos. Por lo general no se acompaña de eosinofilia.
El diagnóstico se sospecha al observar síntomas de abdomen agudo después de ingerir pescado crudo. En las radiografías se observan las lesiones gástricas o intestinales y la endoscopía permite observar y extraer al gusano (eFig. 35–46). Cuando se decide operar para descartar otros diagnósticos, se observan lesiones inflamatorias eosinófilas y gusanos.