Los casos leves de anemia aplásica pueden ser tratados con medidas de sostén que incluyan la administración de eritropoyetina (epoetina o darbepoetina) o factores de crecimiento mieloide (filgastrim o sargramostim) o ambos. Según sea necesario, se realizan transfusiones eritrocíticas y de plaquetas, y se administrarán antibióticos para tratar infecciones.
La anemia aplásica grave se define por un recuento de neutrófilos < 500 células/µL, plaquetas < 20 000 células/µL, reticulocitos < 1% y celularidad de médula ósea <2 0%. El tratamiento más adecuado para adultos, < 40 años, que tienen hermanos con compatibilidad de HLA es el alotrasplante de médula ósea. Los niños o los adultos jóvenes también pueden beneficiarse del alotrasplante de médula de un donante no emparentado, pero ante los mayores riesgos que conlleva el trasplante de este tipo, comparado con hermanos donadores, este tratamiento suele reservarse para pacientes que no respondieron al tratamiento inmunodepresor.
Para adultos > 40 años o aquellos con células de donador progenitoras hematopoyéticas con compatibilidad HLA, el tratamiento preferido para la anemia aplásica crónica es la inmunodepresión con globulina equina antitimocito (ATG, antithymocyte globulin) más ciclosporina. Se administra ATG equina en el hospital, junto con transfusiones y apoyo de antibióticos. Un régimen probado consiste en la administración intravenosa de 40 mg de ATG equina/kg de peso/día durante cuatro días, en combinación con ciclosporina, a razón de 6 mg/kg orales dos veces al día. La ATG equina es mejor que la de conejo, por lo que genera una tasa más alta de respuestas y la supervivencia es más prolongada. Eltrombopag, un mimético de la trombopoyetina, se agrega ahora a ATG más ciclosporina, con respuestas hematológicas en los tres linajes de hasta 90%. Es importante utilizar ATG en combinación con corticoesteroides (prednisona o metilprednisolona en dosis orales de 1 a 2 mg/kg/día durante una semana, seguido de dosis decrecientes en un lapso de dos semanas), para evitar reacciones a ATG en goteo y enfermedad del suero. Las respuestas por lo común se manifiestan en un plazo de uno a tres meses y suelen ser parciales solamente, pero el recuento sanguíneo aumenta lo suficiente para que los pacientes lleven una vida segura y sin necesidad de transfusiones. En términos generales, el beneficio pleno de la inmunodepresión se valora a los cuatro meses después de la aplicación de ATG equina. El uso de ciclosporina se conserva en dosis completas durante seis meses, para interrumpirlo en individuos que reaccionan al tratamiento. Los andrógenos (como fluoximesterona, 10 a 20 mg/día por VO en dosis divididas, o danazol, 200 mg por VO cada 12 h) se usaban mucho en el pasado con una buena tasa de respuesta, y pueden considerarse en los casos leves. Los andrógenos al parecer corrigen en forma parcial los defectos de conservación de la longitud del telómero e incrementan la producción de eritropoyetina endógena.