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La pentamidina y la atovacuona son antiprotozoarios que se utilizan principalmente para la neumonía por Pneumocystis. La pentamidina se revisa en el capítulo 35-01. La atovacuona anula el transporte mitocondrial de electrones y quizá también el metabolismo del folato. La forma de dosificación sólida se absorbe poco y debe administrarse con alimentos para maximizar su biodisponibilidad. La suspensión se absorbe mucho más y es preferible, en especial en los pacientes de alto riesgo (los que padecen diarrea, malabsorción). Tiene una actividad moderada contra P. jirovecii. En estudios comparativos con trimetoprim-sulfametoxazol y pentamidina como tratamiento de la neumonía por Pneumocystis en el VIH/sida, la atovacuona, 750 mg VO cada 8 h durante tres semanas, es menos eficaz que ambos fármacos, pero se tolera mejor; también se ha indicado como profilaxis en pacientes con VIH/sida en una dosis de 1 500 mg diarios. Los principales efectos secundarios son exantema, náusea, vómito, diarrea, fiebre y pruebas de función hepática anormales. La atovacuona se limita a pacientes con infecciones por Pneumocystis leves a moderadas que no responden o no pueden tolerar otros tratamientos.