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Experiencias iniciales con plantas
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La fascinación humana (y en ocasiones la obsesión) con los productos químicos que alteran la función biológica es antigua y comienza con la gran experiencia con las plantas y dependencia de estas. Como la mayor parte de las plantas están sujetas por sus raíces, muchas producen compuestos de defensa que los animales aprenden a evitar y que los seres humanos pueden aprender a utilizar. Así, el prior de un convento árabe apreció el café (cafeína) después de notar el comportamiento de las cabras que brincaban y jugueteaban toda la noche luego de comer las bayas de la planta del café; las mujeres trataron de realzar su belleza usando un extracto de la belladona, una planta mortífera, Atropa belladonna (“señora hermosa”), que contiene abundante atropina, la cual produce dilatación pupilar; la hierba china ma huang (efedrina) se utilizó como estimulante; los pueblos indígenas de América del Sur utilizaron el curare para paralizar y matar animales a los que cazaban para alimentarse y el jugo de la amapola (opio), que contiene morfina (del griego Morpheus, el dios de los sueños), se ha utilizado durante mucho tiempo para aliviar el dolor y para el control de la diarrea. La morfina posee propiedades adictivas bien conocidas, al igual que otros productos naturales psicoactivos, como la nicotina, la cocaína y el etanol. Téngase en cuenta que estos compuestos no se derivan de la búsqueda ni del conocimiento previo de un objetivo farmacológico. Más bien, el descubrimiento de fármacos en el pasado a menudo era el resultado de observaciones fortuitas de los efectos de extractos de plantas o sustancias químicas individuales en animales o en seres humanos. Los medicamentos fueron seleccionados con base en el efecto, sin comprender el mecanismo de acción que conocemos hoy en día. En el siglo XX, la búsqueda de productos naturales se amplió, impulsado en parte por el descubrimiento de antibióticos, como la penicilina y las cefalosporinas, que los hongos y bacterias producen para competir entre ellos.
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¿Descubrimiento o invención de fármacos?
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La frase descubrimiento de fármacos tiene sentido para los compuestos terapéuticos obtenidos de plantas y otros organismos. Sin embargo, hoy en día solo una fracción de los nuevos fármacos introducidos cada año se descubre en la naturaleza. En su lugar, la mayor parte de los fármacos no se descubren, sino que son compuestos totalmente nuevos, optimizados de forma cuidadosa tomando en consideración muchos criterios a través de una interacción entre diseño y experimentación. En ese sentido, los nuevos fármacos de hoy son más inventados que descubiertos.
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El modelo actual para el desarrollo de fármacos nació de la química orgánica sintética, que surgió en la industria de los tintes a finales del siglo XIX y ha continuado floreciendo. Los tintes son compuestos de colores con afinidad selectiva entre los diferentes tejidos biológicos. El estudio de estas interacciones estimuló a Paul Ehrlich a postular la existencia de receptores químicos en los tejidos que interactuaban con los tintes y los “fijaban”. De manera similar, Ehrlich pensó que receptores singulares en los microorganismos o parásitos podrían reaccionar de forma específica con ciertos tintes y que tal selectividad podría respetar tejidos sanos. La obra de Ehrlich culminó con la invención de la arsfenamina en 1907, patentada como “Salvarsán”, lo que sugiere la esperanza de que el producto químico sería la salvación de la Humanidad. Este y otros compuestos orgánicos derivados del arsénico se utilizaron para tratar la sífilis hasta el descubrimiento de la penicilina. Gerhard Domagk demostró que otro tinte, prontosil (la primera sulfonamida con utilidad clínica), era notablemente eficaz en el tratamiento de infecciones estreptocócicas, dando inicio de esta manera a la quimioterapia antimicrobiana. La colaboración de la farmacología con la química por un lado, y la medicina clínica por el otro, ha sido un factor importante que ha contribuido al tratamiento eficaz de las enfermedades, en especial desde mediados del siglo XX.
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Desde el principio, los nuevos compuestos podían ser probados por sus actividades solo en organismos enteros. Por ejemplo, de esta forma se descubrió la indometacina, un fármaco antiinflamatorio no esteroideo (Brune y Hinz, 2004). En los últimos 70 años, los investigadores han comenzado a entender con mayor detalle los mecanismos celulares y moleculares de las enfermedades. Como resultado de esta investigación biomédica básica, es posible realizar pruebas iniciales de compuestos in vitro, utilizando estudios celulares y moleculares. Por ejemplo, podrían buscarse las respuestas celulares que ocurren como consecuencia de la inhibición de una proteína involucrada en un proceso patológico. En este escenario, probando bastantes compuestos elegidos en forma apropiada, podría desarrollarse por lo menos una comprensión parcial sobre qué tipos de compuestos tienen mayor probabilidad de ser activos y entonces utilizar esta información para dirigir un programa para su síntesis química y pruebas hacia compuestos cada vez más potentes.
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En el decenio de 1980, se hizo práctico determinar estructuras tridimensionales de alta resolución de moléculas orgánicas complejas e incluso moléculas más grandes como las proteínas, utilizando y refinando las técnicas de cristalografía de rayos X iniciadas por Hodgkin, Kendrew y Perutz a mediados del siglo XX. Ya se sabía que muchos fármacos actuaban al unirse estrechamente a una proteína relacionada con la enfermedad y al modular de esta forma su función biológica (p. ej., mediante inhibición o activación), pero los detalles atómicos de estas interacciones continuaban siendo un misterio. Como consecuencia, la única manera de avanzar en un proyecto de descubrimiento de fármacos había sido sintetizando y probando un compuesto tras otro. Ahora, al contar con la estructura tridimensional de las proteínas, sería de esperarse que pudiera diseñarse un compuesto que se uniera con afinidad alta a una cavidad de la proteína de interés, en la que ajustaría casi a la perfección, por ejemplo, en el sitio activo de una enzima. Por lo tanto, la cristalografía de proteínas permitió el diseño de fármacos basados en estructuras (SBDD, structure-based drug design), donde la estructura tridimensional del objetivo del fármaco se utiliza para guiar la creación de compuestos que se unan en forma estrecha, a menudo denominados ligandos.
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Casi al mismo tiempo, dio inicio el avance rápido de la tecnología informática. Esto aceleró el procesamiento de datos necesario para pasar de patrones de difracción de rayos X a estructuras de proteínas (es decir, coordenadas atómicas tridimensionales) y permitió la visualización interactiva de estructuras de proteínas complejas formadas por miles de átomos. También abrió nuevas perspectivas en el descubrimiento de fármacos asistido por computadora (CADD, computer-aided drug discovery), lo que incluye el uso de simulaciones moleculares para modelar las interacciones físicas de compuestos y proteínas y el desarrollo de herramientas para codificar, archivar, compartir y analizar datos químicos y farmacológicos. En paralelo, la automatización y la miniaturización han aumentado en forma notable el rendimiento experimental, en especial mediante la detección robótica de alto desempeño (HTS, high-throughput screening), en el que se pueden probar con rapidez cientos de miles de compuestos con un costo relativamente bajo en análisis de actividad celular o molecular. Hoy en día, el entusiasmo por el poder de la inteligencia artificial motiva esfuerzos de amplio alcance para aplicar estas tecnologías al descubrimiento de fármacos.
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La siguiente sección trata con mayor detalle el proceso de descubrimiento de fármacos, centrándose en los llamados fármacos de moléculas pequeñas, compuestos orgánicos con pesos moleculares normalmente inferiores a 500 Da, que tradicionalmente han sido el tipo de fármaco más común. En las secciones siguientes se mencionan fármacos biológicos, como anticuerpos y otras biomoléculas de diseño.
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Identificación del objetivo farmacológico
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Hoy en día, la mayor parte de los proyectos de descubrimiento de fármacos de moléculas pequeñas surgen de investigaciones básicas que implican una macromolécula específica, por lo general una proteína, como un participante clave en una enfermedad y además, sugiere que una molécula pequeña que se une a esta macromolécula podría utilizarse para el tratamiento de la enfermedad. La macromolécula se convierte así en un posible objetivo farmacológico. Muchos fármacos de moléculas pequeñas son inhibidores (antagonistas), que actúan reduciendo la actividad de su objetivo farmacológico macromolecular. Los ejemplos incluyen las estatinas, que reducen la síntesis de colesterol al unirse e inhibir la enzima 3-hidroxi-3-metilglutaril coenzima A reductasa (HMG-CoA) y los antibióticos β-lactámicos, que destruyen las bacterias al inhibir las enzimas que participan en la síntesis de las paredes celulares bacterianas. Sin embargo, algunas moléculas pequeñas son activadoras (agonistas) más que inhibidoras. Los fármacos activadores suelen dirigirse a proteínas cuya función normal implica la señalización celular, como los receptores hormonales. Por ejemplo, el fármaco para el asma salbutamol produce broncodilatación mediante la unión y activación de los receptores β-adrenérgicos en el músculo liso bronquial, con lo que imita el efecto de la adrenalina (epinefrina; cap. 10).
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Se han identificado objetivos farmacológicos de muchas maneras posibles (Hughes et al., 2011). Por ejemplo, se desconocía sobre cuáles enzimas actuaban los antibióticos β-lactámicos y fueron descubiertas precisamente porque estas enzimas se encuentran unidas por estos antibióticos naturales. Por el contrario, el objetivo farmacológico de las estatinas, la HMG-CoA reductasa, se identificó por la identificación de las vías de síntesis del colesterol (Tobert, 2003) y esta información se utilizó para ayudar a descubrir las primeras estatinas. De la misma forma, a medida que los investigadores han determinado las funciones reguladoras de las proteína cinasas humanas (enzimas que modifican la actividad de otras proteínas mediante la unión covalente de grupos fosfatados a sus cadenas laterales, que contienen grupos hidroxilo), se han dirigido cinasas específicas para el descubrimiento de fármacos de moléculas pequeñas (Cohen et al., 2021). Muchos inhibidores de cinasa son fármacos anticancerosos que actúan al inhibir las proteína cinasas que aceleran la proliferación celular. Algunas de estas cinasas dirigidas llevan mutaciones anormales asociadas con cáncer que las hacen hiperactivas, por lo que su inhibición devuelve sus actividades reguladoras a la normalidad. El ejemplo pionero de este escenario es el fármaco imatinib, que inhibe una proteína cinasa mutante asociada al cáncer, la tirosina cinasa Bcr-Abl, la cual se utiliza para el tratamiento de la leucemia mielógena crónica (Buchdunger et al., 2002).
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En los últimos años, los avances tecnológicos que permiten la experimentación genómica han abierto nuevos métodos para la identificación de posibles objetivos farmacológicos (Lindsay, 2003; Paananen y Fortino, 2020). La secuenciación rápida y de bajo costo del genoma facilita la realización de estudios de asociación genómica, en los que las variaciones en la susceptibilidad a una enfermedad en muchas personas se correlacionan con alteraciones en genes específicos; esto conduce a sugerencias para la elaboración de productos genéticos (p. ej., proteínas), que pueden ser objetivos farmacológicos adecuados. La creciente disponibilidad de datos genómicos de los pacientes en el contexto del expediente clínico electrónico probablemente abrirá nuevas oportunidades para el análisis de datos que apoyen el descubrimiento de objetivos farmacológicos en los próximos años. También se ha vuelto habitual medir las cantidades de ácido ribonucleico mensajero (mRNA, messenger ribonucleic acid) transcritas a partir de miles de genes en forma simultánea (el transcriptoma) y cuantificar miles de proteínas traducidas (proteómica). Al comparar tales datos entre, por ejemplo, células cancerosas y células normales, se pueden identificar proteínas transcritas o presentes en concentraciones altas o disminuidas en un estado patológico. El análisis de datos (mining data) sobre estas proteínas obtenidas de fuentes como bases de datos biomédicos, artículos científicos y patentes y su integración con los datos de la proteómica pueden sugerir ciertas proteínas como posibles objetivos farmacológicos.
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Un método totalmente diferente comienza con el uso de instrumentación y robótica de alto rendimiento para analizar una gran cantidad de moléculas pequeñas (una biblioteca química) para la actividad biológica en una detección fenotípica (Swinney y Lee, 2020), que podría utilizar microscopia automatizada y análisis de imágenes para determinar qué compuestos producen los efectos biológicos deseados, como la activación de un gen específico en células humanas cultivadas o la muerte de un microorganismo parásito en cultivos. Se pueden utilizar varios métodos para el análisis inverso (es decir, para determinar cómo funcionan las moléculas pequeñas activas). Por ejemplo, se identificaron posibles objetivos farmacológicos de compuestos que destruían al parásito del paludismo Plasmodium falciparum cultivando estos organismos en concentraciones cada vez mayores del compuesto para seleccionar protozoarios resistentes y luego usando métodos de genómica y proteómica para determinar qué genes eran diferentes. Las proteínas codificadas por estos genes pueden convertirse en posibles objetivos farmacológicos (Flannery et al., 2013).
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Validación de objetivos
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Después de que se ha identificado un objetivo farmacológico para una molécula con potencial terapéutico, se justifica realizar investigaciones adicionales para validarlo buscando pruebas más sólidas de que una molécula pequeña que se une y modula tratará realmente la enfermedad (Jones, 2016; Lansdowne, 2018; véase el recuadro 1–1). Por ejemplo, el hecho de que una proteína sea más abundante en las células cancerosas que las células normales no demuestra de ninguna manera que sea un objetivo farmacológico adecuado. En cambio, esto podría ser una correlación más que una causa, por lo que se necesitan más investigaciones para identificar cuál es su participación. En consecuencia, con la validación de objetivos farmacológicos tiene como meta “reducir el riesgo” de un proyecto al disminuir la probabilidad de que un compuesto cuidadosamente desarrollado para actuar sobre la proteína que representa el objetivo farmacológico fracase en los estudios clínicos, ya sea porque alcanzar el objetivo farmacológico no influya en la enfermedad como se esperaba o porque el compuesto genera toxicidad no anticipada, lo que se conoce como toxicidad en el objetivo farmacológico o basada en su mecanismo.
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RECUADRO 1–1. Validación del objetivo farmacológico: La lección de la leptina
Los sistemas biológicos suelen contener elementos redundantes o pueden alterar la expresión de elementos regulados por medicamentos para compensar el efecto farmacológico. En general, cuanto más importante es la función, mayor es la complejidad del sistema. Por ejemplo, muchos mecanismos controlan la alimentación y el apetito, por ello ha sido difícil encontrar fármacos para controlar la obesidad. El descubrimiento de la hormona leptina, que suprime el apetito, se basó en mutaciones en ratones que causan pérdida de la leptina o de su receptor; cualquier tipo de mutación ocasiona una gran obesidad tanto en ratones como en personas. Así, la leptina parecía ser una oportunidad maravillosa para tratar este padecimiento. Sin embargo, en la investigación, se descubrió que los individuos obesos tienen altas concentraciones circulantes de leptina y parecen insensibles a su acción.
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No existen criterios absolutos para la validación de objetivos farmacológicos ni existe un único método. Un método consiste en utilizar una sonda química, una molécula pequeña que se une al objetivo farmacológico y a continuación estudiar sus efectos biológicos (Quinlan y Brennan, 2021). Este método requiere que dicha sonda esté disponible y los campos de la genética química (Stockwell, 2000) y la quimiogenómica (Bredel y Jacoby, 2004) tienen como objetivo crear sondas químicas selectivas para tantas proteínas del genoma humano como sea posible. Otro método consiste en realizar desactivación genética a través de un RNA pequeño de interferencia (siRNA, small interfering RNA) para bloquear la producción de la proteína que representa el objetivo farmacológico, imitando así el efecto de un inhibidor de la actividad de la proteína. A veces se puede obtener información adicional sobre la función biológica de una molécula con potencial terapéutico estudiando ratones modificados genéticamente, incluidos los ratones con inactivación génica, en los que se ha desactivado por completo la codificación genética para el objetivo farmacológico y en ratones transgénicos, en los que la expresión del gen estudiado se coloca bajo el control de un promotor que puede activarse alimentando a los animales con un compuesto específico, como la tetraciclina (Lindsay, 2003).
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Objetivo farmacológico para una molécula con potencial terapéutico
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Es importante saber si el posible objetivo farmacológico es susceptible de interactuar con una molécula con potencial terapéutico. Es decir, si puede, en principio, unirse a una molécula pequeña con suficiente afinidad. Si la proteína ha sido objeto de un esfuerzo previo de descubrimiento de fármacos, puede encontrarse información de la unión a moléculas pequeñas en una base de datos pública, como BindingDB (Gilson et al., 2016), PubChem (Kim et al., 2021) o ChEMBL (Gaulton et al., 2012) o en un artículo o patente cuyos datos aún no han sido incluidos en estas bases de datos. También se puede comprobar el Protein Data Bank (Berman et al., 2000; Berman y Gierasch, 2021) para conocer la estructura por cristalografía del compuesto estudiado, lo que puede ayudar a localizar una cavidad de unión adecuada para la pequeña molécula que se va a desarrollar como fármaco. Esto es efectivo para las enzimas metabólicas y los receptores que han evolucionado para unirse a pequeñas moléculas de sustrato y transmisores. Muchas proteínas pertenecen a familias, tales como las proteína cinasas, cuyos miembros tienen propiedades similares (p. ej., una cavidad de unión de ATP), de modo que si un miembro de una familia es susceptible de convertirse en una molécula con potencial terapéutico, entonces es muy probable que los otros también lo sean. Por el contrario, los receptores de las proteínas a menudo tienen grandes superficies de unión relativamente planas, en lugar de pequeñas cavidades para la unión adecuada de fármacos de molécula pequeña; por lo tanto, son menos propensos a convertirse en un objetivo farmacológico. Se están realizando esfuerzos para investigar de forma sistemática todos los objetivos farmacológicos codificados en el genoma humano que pudieran interactuar con una molécula con potencial terapéutico (Nguyen et al., 2017; Finan et al., 2017; Hopkins y Groom, 2002) y para obtener mejor información sobre sitios que antes se consideraban no susceptibles de ser utilizados como posibles objetivos terapéuticos (Dang et al., 2017).
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La validación final de un posible objetivo farmacológico es el desarrollo exitoso de un fármaco nuevo que funciona al interactuar con él. Ese fármaco novedoso se denomina primero en su clase. Un fármaco de este tipo es una verdadera innovación y puede representar un avance médico, por lo que podría esperarse que cada proyecto de investigación de fármacos busque una molécula que sea la primera en su clase. De hecho, las empresas farmacéuticas suelen participar en proyectos menos innovadores y más predecibles mediante el desarrollo de la imitación de fármacos contra objetivos farmacológicos que ya están plenamente validados por un fármaco primero en su clase. Tales proyectos tienen como objetivo mejorar el fármaco primero en su clase a través, por ejemplo, de una mayor potencia, menos efectos secundarios o una dosificación más conveniente (p. ej., fármaco oral en lugar de intravenoso) con la meta de llegar a producir un nuevo fármaco considerado el mejor de su clase. Por ejemplo, la lovastatina de Merck comenzó a funcionar como la primera estatina, la primera de una clase de fármacos que reducen el colesterol mediante la inhibición de la enzima HMG-CoA reductasa (cap. 37); pero otras estatinas, como la atorvastatina, también han logrado un enorme éxito comercial.
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Más allá de los objetivos farmacológicos de proteína única
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Una serie de fármacos, ya sea por accidente o por diseño, afectan a múltiples objetivos farmacológicos proteínicos, un fenómeno llamado polifarmacología (Peters, 2013). Este fenómeno es común cuando el objetivo farmacológico pertenece a una familia de proteínas con sitios de unión similares. Por ejemplo, el efecto fisiológico pleno de un antagonista adrenérgico está determinado por sus acciones en la familia de tipos y subtipos de receptores adrenérgicos. Del mismo modo, muchos inhibidores de la proteína cinasa inhiben múltiples cinasas, cada una de ellas en un grado diferente. Hay casos en los que actuar sobre varios objetivos farmacológicos resulta fructífero, como inhibir reacciones secuenciales en serie. La modulación de varias proteínas en una única vía bioquímica o red de señalización supera la redundancia de un sistema biológico robusto y por lo tanto, conduce a una mayor eficacia en comparación con la modulación de una sola proteína. Un solo compuesto puede, alternativamente, actuar sobre dos objetivos farmacológicos completamente diferentes en vías diferentes, aunque esto es más difícil de lograr sin la creación de compuestos más grandes. El análisis de sistemas moleculares complejos en relación con la acción de los fármacos se denomina farmacología de sistemas.
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La polifarmacología no siempre es beneficiosa; de hecho, puede conducir a efectos tóxicos. Algunos de los efectos no deseados de un fármaco se denominarán efectos adversos o incluso respuestas perjudiciales importantes a los fármacos. Por ejemplo, varios compuestos prometedores en un inicio han demostrado unirse e inhibir hERG, un tipo de conducto de K+ del corazón que media la repolarización (la corriente IKr; véase el capítulo 34); la inhibición de hERG puede conducir a arritmias potencialmente letales. Por lo tanto, el conducto hERG se ha convertido en un objetivo farmacológico que debe evitarse de manera estricta en los proyectos relacionados con el descubrimiento de fármacos (Garrido et al., 2020).
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Algunos fármacos de moléculas pequeñas no se unen a las proteínas en lo absoluto. Por ejemplo, los fármacos antineoplásicos con platino, como el carboplatino, destruyen las células neoplásicas al unirse mediante enlaces covalentes al ácido desoxirribonucleico (DNA, deoxyribonucleic acid); los antibióticos aminoglucósidos bloquean la síntesis de proteínas bacterianas al unirse al RNA dentro del ribosoma bacteriano y los antivirales análogos de nucleósidos se incorporan al DNA viral en lugar de los nucleósidos normales y luego bloquean su replicación. El medicamento sugammadex tiene un propósito y un mecanismo inusuales. Los pacientes quirúrgicos a menudo reciben anestesia general y rocuronio, un relajante neuromuscular no despolarizante que evita los movimientos involuntarios del músculo estriado durante los procedimientos quirúrgicos (cap. 13). El sugammadex, una molécula más grande, con forma de copa, se une y fija al rocuronio. Por lo tanto, la inyección de sugammadex reduce con rapidez la concentración de rocuronio libre en la sangre y revierte la parálisis cuando se completa un procedimiento.
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Unión de proteínas y fármacos: Afinidad y regulación alostérica
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Un fármaco exitoso con una proteína como objetivo farmacológico debe unirse a su objetivo con afinidad alta, de modo que incluso una pequeña dosis del fármaco producirá una concentración de sangre lo suficientemente alta como para unirse a una gran fracción de la proteína a la que va dirigida. Si la afinidad fuera baja, entonces sería necesaria una concentración alta del fármaco para que una fracción sustancial de los sitios del objetivo farmacológico se ocupen y sería necesario administrar una dosis elevada del fármaco, lo que se acompaña de inconvenientes y un riesgo creciente de efectos adversos. La afinidad de una molécula pequeña por una proteína por lo general se informa como la constante de disociación, es decir, la concentración de moléculas de fármaco libre en la solución en la que 50% de la proteína que representa el objetivo farmacológico se ha unido al fármaco; cuanto menor sea esta concentración, mayor será la afinidad (fig. 3–3). Los proyectos de diseño de fármacos suelen buscar una constante de disociación del orden de 10−9 mol/L (1 Nm); un “fármaco nanomolar” de este tipo se suele dosificar en miligramos a gramos por día. Un fármaco exitoso también debe mostrar un alto grado de especificidad para la proteína sobre la que actuará, lo que significa que el fármaco no interactúa con otras proteínas que podrían conducir a efectos secundarios no deseados y toxicidad. En algunos casos, la eficacia de un fármaco puede verse influida no solo por la afinidad, sino también por las constantes de velocidad cinética de unión y disociación de fármacos y proteínas, que determinan el tiempo de permanencia del fármaco en su receptor (Copeland, 2016).
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La mayor parte de los fármacos se unen a las proteínas objetivo a través de interacciones intermoleculares de atracción que no implican un enlace químico covalente. Estas interacciones no covalentes suelen incluir:
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Puentes de hidrógeno, en el cual un átomo electronegativo con un átomo de hidrógeno unido, como un grupo hidroxilo, comparte parcialmente su hidrógeno con un átomo electronegativo en la otra molécula
Interacciones de atracción electrostática entre átomos de carga opuesta, tales como entre un ácido carboxílico con carga negativa que pertenece al fármaco y la cadena lateral de arginina de una proteína con carga positiva
El efecto hidrófobo, en el cual partes no polares o “lípidicas” del fármaco y de la proteína se asocian entre sí para reducir su exposición energética desfavorable al agua, de la misma manera que las gotitas de aceite se fusionan en el aderezo para ensaladas
Fuerzas de dispersión (la parte de atracción de las interacciones de van der Waals), que son interacciones de atracción de corto alcance entre los dipolos eléctricos instantáneos que resultan de las fluctuaciones constantes de nubes de electrones atómicos con carga negativa alrededor de núcleos atómicos con carga positiva
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Estas fuerzas de atracción necesitan superar la tendencia entrópica del fármaco y la proteína a separarse, a causa de la energía térmica. De forma inevitable, también hay fuerzas que se oponen a la unión y que deben ser superadas por las fuerzas de atracción. Por ejemplo, existe un mayor consumo de energía para la eliminación de agua de los grupos químicos polares del ligando y de la proteína a medida que se unen. Por lo tanto, la afinidad global de una interacción entre fármaco y proteína refleja un equilibrio delicado y difícil de predecir entre las interacciones de atracción y de repulsión.
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Los fármacos de moléculas pequeñas no se unen a las superficies exteriores relativamente lisas de las proteínas a las que van dirigidas, sino que se pliegan al unirse a cavidades en la proteína (fig. 1–4). Esta disposición estructural hace posible formar las interacciones físicas extensas y de corto alcance que se necesitan para mantener estrechamente unidas dos moléculas. Las cavidades a las que se unen las moléculas con potencial terapéutico (es decir, las cavidades a las que se unen las moléculas pequeñas) suelen estar disponibles en enzimas cuyos sustratos son moléculas pequeñas y en receptores que se unen a hormonas de moléculas pequeñas y transmisores. Sin embargo, muchas proteínas carecen de una cavidad cóncava y por lo tanto es difícil o imposible la creación de fármacos de moléculas pequeñas. En tales casos, se puede considerar el desarrollo de una proteína terapéutica, por ejemplo, un anticuerpo de diseño que se dirija a la proteína de interés. Debido a que las proteínas son grandes, pueden formarse interacciones físicas extensas, de corto alcance, incluso con la superficie exterior relativamente plana de la proteína sobre la que se quiere actuar y por lo tanto, pueden lograr una afinidad de unión adecuada donde un fármaco de molécula pequeña no podría. Estas consideraciones también ayudan a explicar por qué es difícil desarrollar un fármaco de molécula pequeña que bloquee una interacción entre proteínas: la unión entre proteínas implica por lo general un número grande de interacciones en una interfaz de unión relativamente plana entre las dos proteínas y una molécula pequeña no puede conseguir la fijación suficiente en una superficie con estas características.
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Téngase en cuenta que un fármaco no solo debe unirse a su objetivo farmacológico, sino que también debe tener el efecto deseado sobre él. Si el objetivo es inhibir una enzima, entonces un fármaco que se una al sitio activo debe lograr esto con facilidad al bloquear la asociación de la enzima con las moléculas del sustrato. Por el contrario, cuando el objetivo farmacológico es un receptor de superficie celular, una molécula pequeña podría interactuar en el sitio agonista, pero sin inducir un cambio conformacional de activación y por lo tanto podría funcionar como un antagonista o agonista inverso (cap. 3). Un fármaco también puede inhibir la función de una proteína al unirse en una cavidad fuera del sitio activo y por lo tanto, modificar la conformación tridimensional de la proteína sobre la que se quiere actuar; esto es un efecto alostérico. Tal fármaco no solo debe unirse en la cavidad adecuada, sino también inducir el cambio conformacional deseado. El efavirenz y la nevirapina, utilizadas en el tratamiento del VIH-sida, son inhibidores no nucleósidos de la transcriptasa inversa que actúan en forma alostérica para inhibir la transcripción del RNA a DNA virales (fig. 65–5). De manera similar, varios ligandos interactúan con sitios alostéricos en los receptores GABAA (fig. 16–11) y otros receptores de asa de cistina (Cys) para modular la función del receptor y del conducto. La regulación alostérica también puede ofrecer una estrategia refinada para dirigir una sola enzima de una familia de enzimas similares. Así, al diseñar un fármaco, podría aprovecharse el hecho de que, incluso dentro de una familia de proteínas relacionadas con sitios activos similares, los miembros probablemente tendrán otras regiones de su estructura que son más variables y posiblemente únicas. Diseñar un ligando pequeño que se una a tal sitio podría producir un fármaco que sea un modificador alostérico bastante selectivo para la función enzimática. Este método se está utilizando para seleccionar las fosfatasas proteínicas (Mullard, 2018).
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Unos pocos fármacos de moléculas pequeñas reaccionan químicamente con las proteínas sobre las que actúan formando enlaces covalentes irreversibles, en lugar de depender por completo de las atracciones no covalentes antes mencionadas. Tales fármacos con unión covalente se unen a un grupo químico específico de la proteína sobre la que actúan, a menudo una cadena lateral reactiva de aminoácidos en el sitio catalítico de una enzima. En principio, los fármacos con unión covalente deben requerir dosis más pequeñas y con menos frecuencia, porque un fármaco unido por enlace covalente no se disociará de la proteína a medida que la concentración de fármaco libre disminuya con el paso del tiempo después de una dosis (pero téngase en cuenta que algunos compuestos que contienen boro forman enlaces covalentes reversibles [Diaz y Yudin, 2017]). Los desarrolladores de fármacos tienden a evitar los fármacos covalentes porque poseen grupos químicamente reactivos que corren el riesgo de reaccionar no solo con el objetivo deseado, sino también con otras proteínas y biomoléculas, con la posibilidad de causar efectos biológicos no deseados. Sin embargo, la selectividad se puede lograr por interacciones no covalentes específicas entre el fármaco y la proteína que desplazan el compuesto a una ubicación y conformación donde se prepara para formar el enlace covalente deseado.
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El enlace covalente se ha utilizado para dirigir e inhibir con éxito a un miembro de la familia RAS GTPasa (KRAS G12C) que con anterioridad se consideraba como no susceptible de ser utilizado como objetivo terapéutico. Como resultado de tal posicionamiento dirigido, el fármaco antineoplásico sotorasib gana potencia y especificidad al formar un enlace covalente con una cadena lateral de cisteína presente en una forma mutante oncógena de KRAS pero no en el gen KRAS normal (Lanman et al., 2020).