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El microbioma humano es el término que se utiliza para describir las distintas comunidades microbianas que habitan en diferentes entornos que los hospedan en la piel y las superficies mucosas del cuerpo. En el pasado, los microbiólogos se referían a las poblaciones microbianas que se encuentran de manera rutinaria sobre y dentro del cuerpo como flora normal. El término microbioma también abarca todo el material genético asociado con estos constituyentes normales. Como se lee a continuación, las capacidades genéticas de cualquier constituyente dado del microbioma humano suelen tener un profundo impacto en las interacciones que el microbio tiene con el huésped. El establecimiento del microbioma humano se inicia de inmediato tras del nacimiento, y es una parte necesaria y normal del desarrollo humano.
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Hasta hace relativamente poco tiempo, la comprensión de los microorganismos que componen el microbioma humano se basaba en el cultivo puro para estudiar sus componentes. Este enfoque tiene una utilidad limitada por varias razones. En primer lugar, no es posible cultivar ex vivo la gran mayoría de los microbios que se vinculan con los humanos. En segundo lugar, la capacidad de cultivar un microbio no proporciona ninguna información de la abundancia relativa de ese microorganismo en el nicho que se investiga. Por último, hacer crecer una bacteria fuera de su ambiente en cultivo puro brinda poca o ninguna información acerca de la complejidad e interdependencia de las comunidades microbianas en ese nicho.
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El desarrollo de técnicas moleculares muy complejas durante la última década (véase el capítulo 9 para obtener más detalles) ha revelado una enorme cantidad de bacterias, levaduras y protozoos que se vinculan con el microbioma humano, muchos de los cuales eran desconocidos. Las estimaciones actuales sugieren que hay un número semejante de células procariotas sobre y dentro del cuerpo humano que de células humanas, la mayoría de las cuales se relaciona con el intestino. Esta notable estadística es aún más notable si se considera que el intestino adulto promedio alberga ~1000 especies bacterianas, cada una de las cuales contiene ~2000 genes, lo cual resulta en un inventario de un total de 2 000 000 de genes microbianos vinculados con el intestino. Esto es 100 veces más que los ~20 000 genes codificados en todo el genoma humano.
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La variación en la abundancia y complejidad de los constituyentes del microbioma se observa dentro de un individuo a lo largo del tiempo y también entre individuos. Sin embargo, la caracterización longitudinal del microbioma intestinal humano ha demostrado que, dentro de los primeros años de vida, las comunidades microbianas que conviven con los humanos se vuelven relativamente estables y únicas para cada individuo, a menos que se las perturbe, como por un tratamiento con antibióticos.
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Una vez establecidos, los miembros del microbioma se consideran residentes permanentes en los sitios corporales específicos, como la piel, la orofaringe, el colon y la vagina (cuadros 6–1 y 6–2...