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Conforme aumenta el descubrimiento de nuevas especies de organismos, es necesario ordenarlas con base en sus características y propiedades; así surge la taxonomía, que, aunque a veces criticada, es fundamental. Uno de los grupos que ha generado mayor controversia en cuanto a su clasificación es el de los hongos; en un inicio fueron incluidos en el reino Plantae, división Mycota y subdivisión Tallophyta, debido a la similitud de las setas (hongos macroscópicos) con las plantas; sin embargo, ahora se sabe que una de las diferencias básicas entre ambos radica en que los hongos no llevan a cabo el proceso de fotosíntesis. Una segunda clasificación los colocó dentro del reino protista, creado por Haeckel (1866) quien, a su vez, lo dividió en dos grupos: protista inferior, donde se incluía a las bacterias, y protista superior (eucariontes) para protozoarios, algas y hongos. No obstante, cada uno de estos organismos guarda características muy diferentes, de manera que, en 1956, Copelant y Martin crearon dos nuevos reinos, mismos que más tarde Whittaker (1969) modificó en Monera, para las bacterias y otros microorganismos, y Fungae, para los hongos y líquenes. En la actualidad muchos consideran que son seis los reinos que componen la naturaleza: Arqueobacteria (bacterias primitivas con genoma reducido), Monera (bacterias verdaderas), Protista (organismos uni o pluricelulares que no componen tejidos), Fungi, Plantae y Animalia.
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Con las nuevas propuestas de clasificación de los reinos (cuadro 2–1), los recientes ordenamientos están basados en las características morfológicas, fisiológicas y sobre todo de biología molecular. En 1997, Hawksworth escribió que el número aproximado de hongos podría ser 1.5 millones, la mayoría no clasificados aún, y calculó que había seis especies de hongos por cada una de plantas. Kendrick, en 2002, propuso la creación de siete reinos: dos basados en células procarióticas y cinco en células eucarióticas. Esta propuesta ha sido bien recibida por la comunidad científica, aunque no todos los grupos la aceptan.
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Se calcula hoy en día que en el reino Fungi existen entre 1.5 a 5.1 millones de especies y de éstas sólo 10% ha sido identificado, con un número aproximado de 135 mil. Para que se tenga una idea de lo compleja que es la taxonomía fúngica, se calcula que hay 400 mil nombres y sinónimos, además de muchas otras que están prácticamente en espera de ser descubiertas y clasificadas. Los hongos tradicionalmente se clasificaron con base en sus características morfológicas en cinco ...